専用計算機による相同性検索の高速化(バイオインフォマティクスとパターン認識)
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
ヒトゲノムの解読が終了した現在の課題はその解析にある.ヒトのDNAは約30億塩基から成り立っていることからわかるように,遺伝子情報処理には膨大な計算時間を要する.遺伝子情報処理の一つである相同性検索ではその膨大な計算時間の短縮のため間引いた計算式が用いられ,完全な相同性検索を行っていないのが現状である.我々はDP (Dynamic Programming)法を用いた相同性検索専用の計算機を開発することにより,完全な精度の検索を高速に行えると考えた.1,200万ゲート相当のFPGAを用いて130パイプラインの並列化に成功し,100MHzで動作する相同性検索専用計算機を開発した. PCI (Peripheral Component Interconnect)バスに接続して使用し,Pentium4 1.8GHzマシンに対して約1,200倍の演算性能を得ることができた.
- 社団法人電子情報通信学会の論文
- 2003-06-19
著者
関連論文
- 絶対温度
- GPUクラスタと波面記録法によるフレネル計算機合成ホログラムの高速生成とスケーラビリティの評価(立体映像及びホログラフィ)
- 統合型シェーダを搭載したGPUによるフレネル回折積分の高速化(研究速報)
- B-003 GPUを用いた2次元FDTD法の計算高速化(B分野:ソフトウェア)
- GPUとプロジェクタを用いた簡易なリアルタイム電子ホログラフィ再生システム(3次元映像情報メディア技術)
- LH_005 ピーク性能で計算速度比10,000倍を達成する相同性検索専用PCクラスタシステム(H分野:生体情報科学)
- マイクロディジタルホログラフィック流速計を用いた可視化計測におけるPCグリッドによる高速並列処理に関する研究(流体工学,流体機械)
- デジタルコンテンツを有効活用するための学習環境「共同利用型教育用デジタルコンテンツ流通プラットフォーム」の研究開発と学習指導の工夫改善モデル策定のための実践授業と評価(2)
- 産学官連携創出イノベーション事業「共同利用型教育用デジタルコンテンツ流通プラットフォーム」の研究開発と学習指導の工夫改善モデル策定のための実践授業と評価(1)(主題「社会と協働する科学教育研究」)
- 21.理科教育における情報メディアの活用に関する研究(3) : 平成15年度神戸市の公立小学校での授業実施を通して(研究発表III : 教員養成・教員研修)(主題「教員養成・現職教員研修とe-Learning及びICT利用の教育実践」)
- 共通プラットフォーム "ReKOS" を用いたデジタル教案の共有・再利用化への取り組み : 小学校第4学年:理科「宇宙と地球:空を見上げると」を題材にして
- 27pWG-3 EUSOミッション(46)高電圧装置開発状況(27pWG 超高エネルギー宇宙線,宇宙線・宇宙物理領域)
- 13pSC-5 EUSOミッション(41)高電圧装置開発状況(13pSC 高・超高エネルギー宇宙線(EUSO・Ashra他),宇宙線・宇宙物理領域)
- 319 宇宙線観測装置のための超広視野観測光学系用曲面フレネルレンズの加工(OS6 マイクロ加工(2))
- バーチャルRLGSシステムにおけるシロイヌナズナゲノムの多型スポット同定法
- バーチャルRLGSシステムによるシロイヌナズナゲノムの多型解析
- シロイヌナズナ全ゲノム塩基配列を利用したコンピューターシミュレーションによるRLGS解析
- 2000-HPC-82-33 100Tflopsの分子動力学シミュレーション専用計算機MDMの開発状況
- 外来混雑と待ち時間のシミュレートシステムの開発
- ガーナ・インターネット天文台の構築と星座カメラi-CANプロジェクト
- 少量の硫酸分子を含む水蒸気における不均質核生成の分子動力学シミュレーション
- 宇宙ステーション搭載JEM-EUSO望遠鏡による極限エネルギー宇宙線の観測
- S-85 銀河宇宙線はGaiaの体温を決めるか?((10)地球温暖化は悪いのか?,口頭発表,シンポジウム)
- 230 天文望遠鏡用大型軽量ミラーのELID研削に関する基礎研究 : マシンニングセンターによるCVD-SiC平面ミラーの製作(OS5 電子部品・光学部品の超精密加工)
- C-009 Smith-Waterman法計算における省メモリ化アーキテクチャの開発(C分野:ハードウェア・アーキテクチャ)
- J_048 10万点の動画ホログラフィを可能にする専用クラスタシステム(J分野:グラフィクス・画像)
- LJ_006 GPUを用いた計算機合成ホログラムのリアルタイム再生システム(J分野:グラフィクス・画像)
- J-034 GPUによる計算機合成ホログラムの高速化(J分野:グラフィクス・画像)
- I-026 デジタルHPIV法専用計算機システム(I.画像認識・メディア理解)
- C-034 FPGAによる動的再合成可能ハードウェアを用いた相同性検索専用計算機(C.アーキテクチャ・ハードウェア)
- LJ-006 リアルタイム再生を可能にする並列型電子ホログラフィ専用計算機システムHORN-5(J. グラフィクス・画像)
- 専用計算機による相同性検索の高速化(バイオインフォマティクスとパターン認識)
- D-6-10 バイオインフォマティクスにおける相同性検索専用計算機の研究
- 病院情報システムのログを用いた外来患者動態把握システム
- D-7-2 病院情報システムのLOGファイルを用いた、外来患者所在把握システムの開発
- 超高エネルギー宇宙線超広視野観測装置のための両面湾曲型両面フレネルレンズの製作:第三報4軸同時制御による非軸対称フレネルレンズの型の加工
- 超高エネルギー宇宙線超広視野観測装置のための両面湾曲型両面フレネルレンズの製作:第四報両面湾曲型両面フレネルレンズの成形方法
- 超高エネルギー宇宙線超広視野観測装置のための両面湾曲型両面フレネルレンズの製作 : 第二報 光学設計と加工機上形状計測による評価
- 超高エネルギー宇宙線超広視野観測装置のための両面湾曲型両面フレネルレンズの製作 : 第一報 超精密加工装置と加工方法
- 科学教育活動Hands-On Universeの日本での実践とその評価 : インターネットを用いた学びの共同体の一例として
- ディジタルホログラフィを用いたマイクロ流れの高時間分解三次元計測に関する研究(流体工学,流体機械)
- デジタルデータ活用ツールとしてのReKOS(セッション3:e-learning,学習支援ツール(1))
- デジタルデータ活用ツールとしてのReKOS(教育とコミュニケーション技術・システム/一般)
- デジタルコンテンツ用共通プラットフォームの提案
- CVD-SiC及びSiCセラミックスのELID研削抵抗
- 高精細反射型液晶ディスプレイによるホログラフィ再生
- 反射形液晶ディスプレイを用いた計算機合成ホログラムによる3次元動画像システム(3次元映像情報メディア技術)
- HSTからのライブ, インターネットを用いた新しい天文教育の可能性
- 4軸超精密油静圧駆動システム加工機における球面レンズ金型加工の試み
- 204 超精密ロータリー研削盤 "RG-800" による Si ウェハの ELID 研削加工
- K-041 動的再構成可能計算機を用いた論理回路デザインシステム(教育工学・福祉工学・マルチメディア応用,一般論文)
- Vannevar Bush : As We May Think(20世紀の名著名論)
- VPP500におけるブロック三重対角行列の直接解法の並列化
- I_025 流体速度場可視化のための計算機システムの研究開発(I分野:画像認識・メディア理解)
- 反射型液晶ディスプレイと専用計算機システムによる動画ホログラフィー
- 14pTK-5 巨大行列の対角和を計算するための乱雑位相ベクトル(電子系, 領域 11)
- 30aWN-1 高圧LiH結晶の振動スペクトルの第一原理計算(物質設計・トンネル効果)(領域7)
- 溶液X線散乱法専用計算機の開発研究(バイオインフォマティクスとパターン認識)
- F02-(3) ホログラフィ専用計算機による立体的可視化
- 誤差拡散法による計算機合成ホログラムからのマルチカラー立体再生像の基礎検討
- J-040 並列システムのための専用計算チップと高精細LCDを搭載した動画ホログラフィ再生ユニット(J.グラフィクス・画像)
- 溶液X線散乱法専用計算機(コンピュータシステム)
- D-6-7 類似度検索専用計算機の研究
- D-6-3 類似度検索専用計算機の開発
- D-11-134 高精細 LCD パネルを組込んだ簡易型ホログラフィ再生装置の開発
- D-11-65 反射型LCDを用いたカラーホログラフィックディスプレイの一検討
- D-11-64 ホログラフィ専用計算機HORN-4の加算回路の改良
- 9-3 波面記録面を導入した計算機合成ホログラムのGPUによる高速化(第9部門 立体映像技術)
- D-11-70 ホログラフィ専用計算機HORN-4の効率の良い並列化手法
- O1-05 星雲遭遇によるK-Pg境界の大量絶滅(口頭発表セッション1(地球型惑星I),口頭発表)