2体結合モデルによる統計力学的ハプロタイプ推定
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概要
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ハプロタイプ推定とは,各染色体のDNA配列が父母由来の相同染色体同士で各部位毎に混ざって観測されたデータを元に,統計的手法により元の二本のDNA配列(ハプロタイプ)を推定するもので,個別化医療に必須の技術である.しかし,EMアルゴリズムを用いる従来法はかなり正確な反面,容易に組み合わせ爆発が起こるため,規模の大きいデータには用いることができないという欠点がある.そのため,様々な近似手法が開発されている.本報告では,統計力学的分野で一般的な2体全結合モデルを用いて近似を行い,一塩基多型(SNP)データからハプロタイプ推定を行う一手法を提案する.具体的には,Nスピンの基底状態探索(Nビットの組み合わせ最適化問題)を,平均場近似やBethe近似,確率伝搬法といった手法により解く.結果,人工データではN=100程度でも十分な速度と,そこそこの精度が得られた.
- 2009-03-04
著者
-
井上 真郷
早稲田大学先進理工学部電気・情報生命工学科
-
千明 裕
早稲田大学大学院先進理工学研究科電気・情報生命専攻
-
進藤 裕之
早稲田大学大学院先進理工学研究科電気・情報生命専攻
-
井上 真郷
早稲田大学大学院先進理工学研究科電気・情報生命専攻
-
井上 真郷
早稲田大学先進理工学研究科電気・情報生命専攻
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