マルコフ確率場を使ったタンパク質機能予測

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概要

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• 近年マルコフ確率場の理論をタンパク質相互作用のデータに使うことで、相互作用のパターンから機能のアノテーションを行う研究が報告されている。今研究では、(1)パラメーターの算出方法を見直し、(2)直接的ではない第二近傍のタンパク質のペアを考慮したモデルを採用することで、機能予測の精度を上げることに成功した。モデルの有効性を確かめるために、交差検定を行った。タンパク質のデータとして出芽酵母を使い、機能を定義するためにGene Ontology(GO)を使った。タンパク質相互作用のデータは、Munich Information Center for Protein Sequences(MIPS)から入手したものを使用する。

• 2008-09-11

著者

• 田口 善弘

  東工大 物理

• 田口 善弘

  中大理工

• 秋葉 寿光

  中央大学理工学研究科

• 田口 善弘

  中央大学理工学研究科

• 田口 善弘

  東京工業大学理学部物理教室

• 田口 善弘

  東工大理

• 田口 善弘

  中央大学理工学部物理学科

• 田口 善弘

  中央大学理工学研究科:中央大学理工学研究所

• 田口 善弘

  中央大学

• 田口 善弘

  東京工業大学

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