FPGAを用いた高速プライマー配列探索システムの開発

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概要

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近年ではパイロシーケンシングという技術を用いて1細胞内のmRNAを絶対定量することが可能になっている。しかし、プライマーの特異性を保証するためにはmRNAデータベースとの配列アラインメントが必要であり、膨大な計算時間が必要となる。我々はFPGA(field programmable gate array)上に、オリゴマーのアラインメントを並列に実行する回路を実装し、計算の高速化を行った。その結果、本システムによりgeneral CPUに比べて約1,000倍のアラインメント高速化が可能であることが分かった。本研究では、アラインメントの他にも、クロスハイブリダイゼーション、プライマーダイマーの形成、プライマー内の2次構造形成の割合も評価して、最良のプライマー配列を探索する。
2008-09-11

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