Stem Cell Informatics Database:多様なヒト細胞情報の統合化を目指したデータベースの構築

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概要

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• 2006 年に iPS 細胞が発見されて以降,実際に幹細胞由来の人工組織が医療の現場で活用されるという時代の到来が現実味を帯びて来た.それと同時にこれまで以上に細胞というものを熟知し,個々の細胞の性質の判断基準を明らかにする必要性も著しく高まっている.当研究室では,以前公開された SHOGoiN というヒト細胞解析データのためのデータベースの延長として,細胞というシステムを科学的な解析結果と知識に基づき明確に定義するためのデータベース (Stem Cell Informatics Database) の構築を行っている.現在の Stem Cell Informatics Database は,近年盛んに行われ始めているシングルセル技術を用いたトランスクリプトーム解析やメチローム解析データ及び実験条件などのメタデータ,ヒト組織画像とそこから抽出された細胞形態解析データ,そして解剖学的な位置情報に対応させたヒト細胞の分類表などを格納している.また今後は,細胞という複雑な概念のモデル化,語彙・知識の統合管理を可能にするためのオントロジーの構築や細胞情報解析のためのツールなども行い,搭載する予定である.

• 2014-09-12

著者

• 山根木 康嗣

  兵庫医科大学病理学第1講座

• 谷口 丈晃

  三菱総合研究所

• 藤渕 航

  京都大学IPS細胞研究所

• 小林 健太

  京都大学iPS細胞研究所

• 桜井 都衣

  京都大学iPS細胞研究所

• 山根 順子

  京都大学iPS細胞研究所

• 加藤 有己

  京都大学iPS細胞研究所

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