極大2部クリーク列挙法による遺伝子発現モジュールの抽出(遺伝子発現・ネットワーク)
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概要
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遺伝子発現データから,ある特定の条件下において類似の発現動態を示す"遺伝子発現モジュール"を抽出する方法として,Biclusteringが注目されつつある.本研究では,極大2部クリークの全列挙法に基づくBiclustering法(BiModule)を開発した.我々は,これを人工データおよびS. Cerevisiaeの遺伝子発現データに適用し,既存の代表的なBiclustering法によるモジュール抽出結果との比較実験を行った.本報告では,BiModuleが他手法に比較して,人工的に埋め込まれたBiclusterをより高い精度で検出し,さらには,Gene Ontologyにおける機能アノテーションや既知のタンパク質相互作用を良く反映したモジュールを抽出可能であることを示す.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2006-09-15
著者
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藤渕 航
産業技術総合研究所生命情報工学研究センター
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岡田 吉史
独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
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藤渕 航
独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
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ポール ホートン
独立行政法人 産業技術総合研究所 生命情報科学研究センター
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ホートン ポール
産総研 生命情報科学研究センター
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藤渕 航
産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
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