Grid環境におけるHMMER実行方式の検討(EVA-1:科学技術計算アプリケーションの評価,2003年並列/分散/協調処理に関する『松江』サマー・ワークショップ(SWoPP松江2003))
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概要
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Grid環境において,ゲノムアプリケーションHMMERの実行時間を短縮できる実行方式を検討する.Grid環境においてHMMERを実行するために,MPIを用いて並列化したMPI-HMMERを実装し,OBIGridに登録されている大阪産業大学・同志社大学・理化学研究所の計算機で実行・評価を行う.各サイトにおいて,ブロックサイズと使用する計算機台数を変化させてMPI-HMMERを実行し,実行時間短縮に有効なブロックサイズを検討する.
- 社団法人情報処理学会の論文
- 2003-08-06
著者
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