Comprehensive Analysis of Cell Wall-Permeabilizing Conditions for Highly Sensitive Fluorescence In Situ Hybridization
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概要
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The simultaneous detection of different bacterial strains carrying a certain functional gene is absolutely imperative in order to detect bacteria on the basis of functional gene expression products (mRNA) in situ. Functional genes are possessed by bacterial strains with different types of cell walls; therefore, the optimization of conditions for digesting different types of cell walls is significant. In this study, we defined the optimal conditions for permeabilization in eight bacterial strains belonging to different phylogenetic divisions using solutions containing different concentrations of lysozyme and/or achromopeptidase, for conventional fluorescence in situ hybridization (FISH), digoxigenin (DIG)-FISH, and catalyzed reporter deposition (CARD)-FISH with a rRNA-targeting oligonucleotide probe. Most bacterial strains were successfully detected using CARD-FISH with lysozyme 10mg/ml pretreatment. Additionally, achromopeptidase pretreatment combined with lysozyme pretreatment was a highly effective means of permeabilizing bacterial strains that were unable to be detected using lysozyme pretreatment. However, this additional pretreatment resulted in a loss of cell morphology in some bacterial strains due to excessive permeabilization. Consequently, permeabilizing conditions for applying highly sensitive FISH to the well-defined target bacterial strains used in this study were optimized. The results of this study will contribute to the optimization of permeabilizing conditions, which is one of the most important factors for the successful application of highly sensitive FISH.
- 日本微生物生態学会の論文
著者
-
Tsuneda Satoshi
Department of Life Science and Medical Bioscience, Waseda University
-
常田 聡
早稲田大学理工学部生命医科学科
-
Furukawa Kazuhiro
Department of Chemical Engineering, Waseda University
-
Inamori Yuhei
National Institute for Environmental Studies
-
Inamori Y
National Institute For Environmental Studies
-
Inamori Yuhei
Regional Environment Division National Institute For Environmental Studies
-
Tsuneda Satoshi
Department Of Chemical Engineering Waseda University
-
INAMORI Yuhei
Fukushima Univ.
-
HOSHINO TATSUHIKO
Department of Chemical Engineering, Waseda University
-
Furukawa Kazuhiro
Department Of Chemical Engineering Waseda University
-
Hoshino Tatsuhiko
Department Of Chemical Engineering Waseda University
-
Inamori Yuhei
Facility Of Symbiotic System Science Fukushima University
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