反応プロファイルに基づく異種生物種間の代謝ネットワークの比較(アルゴリズム)
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概要
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代謝ネットワークを異なる生物種間で比較・分析することは,生物の進化やある化合物を合成する方法についての知見を得る上で重要な情報である.そこで本研究では,異種生物種間での代謝反応の有無に基づいて代謝ネットワークを比較する手法を提案する.具体的には,代謝ネットワークを,酵素反応の集合として扱い,その生物が持つ代謝ネットワークを反応プロファイルと呼ぶ代謝反応の有無により1もしくは0で構成される文字列で表現する.そして,文字列間の類似度を定義し,異種生物種間の代謝ネットワークのクラスタリングを行う.実際に,MetaCycに登録された33の生物種について本手法を適用し,その有効性を確かめた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-06-15
著者
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