化合物の構造式の類似性に基づくパスウェイアライメント
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概要
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生体内の化学反応の多くは,酵素を触媒として,ある化合物(基質)を,別の化合物(生成物)に変換することにより構成される.こういう一連の反応経路を一般にパスウェイと呼ぶ.代謝反応のパスウェイに対する比較分析は,進化の過程で生物がどのようにそのパスウェイを獲得したか,さらには,ある化合物を合成する方法についての知見を得る上で重要な情報となる.そこで,本研究では,パスウェイを構成する酵素反応の類似性を,それを構成する化合物の構造式の類似性としてとらえるパスウェイのアライメントアルゴリズムを提案する.化合物の構造式の類似は,構造式の部分構造の定義であるMACCS KeyとTanimoto係数を用いて計算する.実際に,大腸菌の代謝反応ネットワーク全体から,経路をダイクストラのアルゴリズムを用いて抽出し,取り出した全経路に対してアライメントを適用した.その結果,フルクトースとマンノースの生合成パスウェイと,ガラクトースの生合成パスウェイにおいて,類似した構造式変化の系列を見ることができ,その有効性を確かめた.
- 2007-03-05
著者
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遠里 由佳子
立命館大学情報理工学部生命情報学科
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西村 悠
立命館大学理工学部情報学科
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西村 悠
立命館大学理工学研究科情報理工学専攻
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遠里 由佳子
立命館大学生命科学部生命情報学科
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遠里 由佳子
立命館大学大学院理工学研究科・立命館大学生命科学部
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