分子動力学シミュレーションの並列化における分割法の一考察
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
従来、分子動力学シミュレーションの並列アルゴリズムとして、負荷分散を目的とする原子分割法と通信量の最小化を目的とする空間分割法が提案されてきた。本研究では、負荷分散と通信量の低減の双方を考慮した、新しい並列アルゴリズムをいくつか提案する。これらのアルゴリズムを水中のタンパク質分子(16735原子)のシミュレーションに適用し、性能を比較したところ、中でも、微小セルを単位として原子を並べ、それらに働く力の計算を均等に分割してプロセッサに割り当てるアルゴリズムが最も良い性能を示し、従来の空間分割法に比べて10%以上の性能向上が達成されるという結果を得た。
- 社団法人情報処理学会の論文
- 1999-03-04
著者
-
西村 健
東大院・文
-
西村 健
東京大学大学院理学系研究科情報科学専攻
-
中村 周吾
東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻
-
池口 満徳
東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻
-
清水 謙多郎
東京大学大学院農学生命科学研究科応用生命工学専攻
-
清水 謙多郎
東大院・農生科・応生工
-
中村 周吾
東大院・農生科・応生工
-
中村 周吾
東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻
関連論文
- Act8オペレーティングシステムにおけるサーバ開発の枠組み
- マイクロカーネルをもとにしたシステム構成に関する考察
- ユーザプログラムとカーネルの協調に基づくスレッドの設計と実現
- 分散環境でのファイル名前空間とユニオンディレクトリについて
- 対称型マルチプロセッサ用実時間カーネルの設計と実現について
- ab initioタンパク質立体構造予測の応用
- 1J1115 局所構造情報を利用したタンパク質立体構造予測手法の開発(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 1P032タンパク質立体構造予測における局所部分配列からの主鎖二面角予測
- 分子動力学シミュレーションの並列化における分割法の一考察
- 458 熱延原板溶融亜鉛めっき鋼板の塗膜ブリスターの発生機構(有機塗覆装・化成性・塗装耐食性・成形性, 加工, 日本鉄鋼協会 第 105 回(春季)講演大会)
- 2R1545 NMRによるコリシンE6のRNase活性ドメインとそのインヒビターとの複合体の立体構造解析(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 1P018NMRによるコリシンE6のRNase活性ドメインとインヒビターとの複合体の立体構造解析
- 1P084 NOESY-HSQCスペクトルのback-calculation(蛋白質 E) 計測・解析の方法論)
- 31.抗活性型ジベレリン抗体の抗メタタイプペプチドの解析(口頭発表)
- 2P087密度汎関数法を用いた一酸化窒素還元酵素Cytochrome P450norの反応機構解析
- 3P113 生体分子の溶媒効果 : マルチカノニカルQM/MM-MDによる研究(電子状態,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 2P009 量子分子動力学法による生体分子の立体構造最適化(蛋白質 A) 構造))
- マイクロカーネルをもとにしたシステム構成に関する考察
- 理学部研究ニュース
- 分散型コンピュータシステムにおける静的最適負荷分散方式のパラメータ解析について
- Expression, Purification, and Characterization of 2'-Aminobiphenyl-2,3-diol 1,2-dioxygenase from Carbazole-degrader Pseudomonas resinovorans Strain CA10(Microbiology & Fermentation Technology)
- Purification and Characterization of meta-Cleavage Compound Hydrolase from a Carbazole Degrader Pseudomonas resinovorans Strain CA10(Microbiology & Fermentation Technology)
- 2P295 糖質結合タンパク質の予測手法の開発(生命情報科学-構造ゲノミクス,第48回日本生物物理学会年会)
- 2P010 分子動力学シミュレーションを用いたCARDOの酸化酵素部位の解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 2P004 タンパク質ループ領域の配列構造相関の解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P248 Prediction of the residue-based contribution to protein-protein interaction(Bioinformatics-structural, functional, and comparative genomics,Oral Presentations)
- 1P132 主成分分析法を用いたタンパク質-DNA複合体構造のダイナミクス解析(核酸,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- アミノ酸配列によるタンパク質disorder領域の予測(複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題-タンパク質とその周辺-,研究会報告)
- 3P009 探索空間の削減によるタンパク質-タンパク質ドッキング予測手法の高速化(蛋白質 A) 構造))
- 3P007 タンパク質立体構造予測のためのプロファイルベースの構造ポテンシャルの構築(蛋白質 A) 構造))
- 2P128 Locally enhanced sampling法による核酸ミニヘアピン分子の構造解析(核酸 A) 構造・物性))
- 2P008 アミノ酸配列からのタンパク質disordered領域予測 : 立体構造予測の取り込みによる予測手法の改良(蛋白質 A) 構造))
- 2P007 Chignolinのフォールディング自由エネルギー地形(蛋白質 A) 構造))
- 2P005 ループの配列構造相関解析(蛋白質 A) 構造))
- 1P008 マルチカノニカル分子動力学法による蛋白質予測構造の精密化(蛋白質 A) 構造))
- 2P053 球面調和関数に基づく基底関数による級数展開を用いた高速ドッキング予測法(蛋白質 A) 構造)
- 2P051 マルチカノニカル分子動力学法によるリガンド結合に伴うタンパク質の構造変化メカニズムの解析(蛋白質 A) 構造)
- 2P048 尿素水溶液中における疎水効果増加の分子機構(蛋白質 A) 構造)
- 2P046 WWドメインのフォールディング・シミュレーション(蛋白質 A) 構造)
- 2P043 マルチカノニカル分子動力学法による蛋白質予測構造の精密化(蛋白質 A) 構造)
- 2P040 アミノ酸配列からのタンパク質Disordered領域予測手法の開発(蛋白質 A) 構造)
- オブジェクト/スレッドモデルオペレーティングシステムにおける柔軟できめの細かい保護機構の設計
- 大規模並列システムにおける動的負荷分散のシミュレーションによる性能評価
- 大規模並列システムにおける大域的ページ配置方針の性能評価
- 消費資源を含むシステムにおけるデッドロック検出
- ユーザレベルにおける分散共有メモリの実現
- 分散システムにおける読み書き問題に対する拡張されたコテリーの構成とその応用
- 単一アドレス空間におけるオブジェクトのきめの細かい保護機構の設計
- 軽量オブジェクトを基礎としたオペレーティングシステムの設計と実装
- 大規模並列システムのための動的負荷分散における重なりのあるドメイン分割方針の検討
- 大規模並列システムにおける共有仮想記憶のページ配置方式
- 因果関係とマルチバージョン管理に基づくデータ一貫性制御方式
- 大規模分散システムのためのグループメンバシップ・プロトコル
- 1.2 分散OS Galaxy (日本におけるオペレーティングシステム研究の動向)
- 分散オペレーティングシステムにおけるプロセス移送の方式
- 分散オペレーティング・システムにおける名前管理
- ホスト計算機上でのマルチタスク処理を支援するマルチウィンドウ端末の実現
- 計算機の利用者登録管理の自動化について
- CASP8会議参加報告
- 核酸・タンパク質複合体の基準振動モード解析
- GALAXY 分散オペレーティングシステムにおけるネットワーク透過なオブジェクトの名前付けと位置決め
- 2P106 フォールディングシミュレーションにおけるgeneranzed Bornモデルの比較(蛋白質(物性(安定性、折れ畳みなど)),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- アグリバイオインフォマティクス人材養成プログラム
- 1P003 マルチカノニカル分子動力学法によるリガンド結合に伴うタンパク質の構造変化メカニズムの解析(蛋白質 A) 構造))
- 3K0930 計算機シミュレーションによるCumDと基質相互作用の解析(1.蛋白質(B)構造・機能相関,一般講演,日本生物物理学会第40回年会)
- 1P024計算環境に動的に適応する並列プログラミング環境の構築と並列分子動力学シミュレーションへの適用
- サブタスク間の依存関係に基づくスケジューリング機構を備えた並列プログラミング環境の開発
- 動的資源管理機能を備えた並列プログラミング環境の開発と分子動力学シミュレーションへの応用
- 分子動力学法の並列アルゴリズムの開発
- サブタスク分割による分子動力学シミュレーションの並列化 : サブタスク間の依存関係を考慮した並列計算方式
- 分子動力学法によるセロビオース脱水素酵素と基質との相互作用の解析
- ゲノム解析プロトコール(17)マイクロアレイを用いた発現データベース構築とデータマイニング
- 1R18 並列構造探索システムの構築と核酸ミニヘアピン分子への適用
- 1Q32 連続空間での蛋白質foldingにおけるfunnel理論の研究
- 2P071 二次構造情報を取り入れた分子動力学法によるタンパク質立体構造予測法の一般性の検証(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第48回日本生物物理学会年会)
- 1P071 二次構造束縛付きフォールディングシミュレーションによるタンパク質立体構造の予測(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第48回日本生物物理学会年会)
- 3P-041 all-βタンパク質の二次構造拘束付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーション(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第47回日本生物物理学会年会)
- 3P-012 分子動力学シミュレーションによるstaphylococcal protein AのB domainのフォールディング機構の研究(蛋白質・物性(3),第46回日本生物物理学会年会)
- 2P-095 二次構造拘束つき分子動力学シミュレーションによるall-βタンパク質のフォールディングシミュレーション(蛋白質・物性(2),第46回日本生物物理学会年会)
- 1P573 Folding simulation of the B-domain of staphylococcal protein A(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
- 3C1415 タンパク質の局所部分配列と主鎖二面角分布の相関解析
- 単一アドレス空間におけるプロセス生成とデータ共有
- 主成分分析法を用いたtRNA遺伝子の分子進化に関する研究
- 2T07 多変量解析を用いた遺伝子解析手法によるtRNA遺伝子の解析
- 2P-088 ベイズ統計学的解釈によるタンパク質-DNA認識におけるindirect readoutの評価(核酸-相互作用・複合体,第47回日本生物物理学会年会)
- 2P-125 DNAの構造分布の非調和性を考慮したDNA・DNAタンパク質複合体構造評価ポテンシャルの開発(核酸・相互作用,複合体,第46回日本生物物理学会年会)
- 2P171 Dependency of thermostability on loop sequence in DNA minihairpin molecule revealed by locally enhanced sampling method(36. DNA to chromatin,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
- ユーザレベルプロトコルのカーネル内実行による大量データ通信の効率的実現
- 資源濫用攻撃に耐性のある資源管理方式(資源管理と保護)
- メモリ占有DOS攻撃の防止 : 優先度付きメモリ管理
- メモリ占有DoS攻撃の防止 : 優先度付きメモリ管理
- MDシミュレーションによるE.coli tRNA^及びそのaptamerとGlnRS複合体のエネルギー解析
- 分子動力学シミュレーションの並列化における分割法の一考察
- 分子動力学シミュレーションの並列化における分割法の一考察
- 3P297 タンパク質立体構造予測サーバおよびモデル構造の品質評価プラットフォームの開発(生命情報科学-構造ゲノミクス,第48回日本生物物理学会年会)
- 3P016 タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)
- 隠れマルコフモデルによるタンパク質の構造クラス予測と2次構造予測
- アクセス制御機構における判定操作の効率化
- キー/ロック方式に基づく柔軟できめの細かいオブジェクトの保護機構の設計
- データベースマシンGRACEの同時実行制御