分散共有メモリシステムにおけるWave Front法を用いたタンパク質のホモロジー解析の並列化
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概要
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タンパク質のホモロジー解析とは,複数のタンパク質の間に存在する類似性を検出をする解析の一種である。これは,ダイナミックプログラミング法(Dynamic Programming method: DP)を用いてタンパク質を構成しているアミノ酸の配列のペアワイズアライメントより求めることができる。しかし,DPはアミノ酸配列のサイズがN倍になると計算時間はN^2に比例して増大する。したがって,DPを並列化することにより処理を高速化することが重要である。本論文では,ソフトウェアDSM上でDPを並列実行させるためにホモロジースコア行列を分散共有メモリに適切な形式に変換した。この変換行列にタイリングを行い,並列実行した。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2002-02-14
著者
-
福田 晃
九州大学大学院システム情報科学研究院
-
齋藤 彰一
和歌山大学 システム工学部
-
上原 哲太郎
和歌山大学システム工学部
-
國枝 義敏
和歌山大学システム工学部
-
福田 晃
九州大学大学院システム情報科学府・研究院
-
横手 聡
和歌山大学大学院システム工学研究科
-
奥野 一矢
和歌山大学システム工学部情報通信システム学科
-
奥野 一矢
和歌山大学大学院システム工学研究科
-
福田 晃
九州大学大学院システム情報学府・研究院
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