バイオ研究者間の情報共有のためのプロテオームXML記述方式(<特集>XMLによる情報システム)
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概要
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プロテオーム解析におけるデータ共有のためのXML記述方式を提案する.さらに,本XML記述を使ったプロトタイプを開発した.プロテオーム解析は,細胞内で発現しているタンパク質の網羅的同定やタンパク質の機能解明を目的とする.プロテオーム解析では,解析対象となる試料情報,タンパク質の分離手法,解析結果である分離されたタンパク質名称,機能情報などを扱う.特に,解析データを共有,交換し,実験の再現や比較を行うには,実験結果だけでなくタンパク質の分離手法などの実験手順情報も重要となる.我々は,バイオ研究者間のデータ共有をより簡単に行うことを目指し,プロテオーム解析結果だけでなく,実験手順情報も記述できるXMLを用いたデータ記述方法を提案する.さらに,実験手順に応じて情報を入力し容易にXMLデータを作成できるエディタと,このXMLデータを登録検索できるデータベースサーバシステムを開発した.
- 情報知識学会の論文
- 2003-01-28
著者
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上條 憲一
NEC基礎研究所
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上條 憲一
Nec基礎・環境研究所
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水口 弘紀
日本電気(株)インターネット研究所
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次田 晧
日本電気(株)基礎研究所プロテオミクス研究センター
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水口 弘紀
NECインターネットシステム研究所
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次田 晧
NEC基礎研究所プロテオミクス研究センター
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次田 晧
Nec基礎・環境研究所 プロテオミクス研究センター
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