メタコンピューティング環境における対話型アプリケーションHMMerのスケジューリング
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概要
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分子生物学の分野では,蛋白質のデータを分類,整理する目的で,Profile HMMを用いるアプリケーションHMMerが広く用いられている.しかし,HMMerは実行時間を要するアプリケーションであり,その高速化は重要なテーマである.本稿では,メタコンピューティング環境を用いてHMMerアプリケーションを高速化する.メタコンピューティング環境においては計算機資源の割当や通信の遅延が変動し,その予測が困難であるため,従来のスケジューリング手法を用いた場合に十分な並列度が得られない.提案するスケジューリング手法は複数のプロセスに同一の仕事を割り当てることによりこの問題を回避する.実装による評価の結果,提案手法を用いることによって,セルフスケジューリングを用いた場合と比較して,試行による実行時間の変動が少なく,実行時間においても約36%の改善がみられた.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2002-03-07
著者
-
福田 晃
九州大学大学院システム情報科学研究院
-
中西 恒夫
奈良先端科学技術大学院大学情報科学研究科
-
福田 晃
九州大学大学院システム情報科学府・研究院
-
中西 恒夫
九州大学大学院システム情報科学研究院
-
池辺 貞郎
奈良先端科学技術大学大学院
-
福田 晃
九州大学大学院システム情報学府・研究院
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