WindowsMPIによる非均一PCクラスタ並列分子動力学法
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概要
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分子動力学法は,本来,多量の粒子による多量のタイムスチップからなる膨大な計算で構成される.本研究では,MD法プログラムを非均一な速度のPCから成るクラスタを用いて並列化する.さらに,2プロセッサ搭載のPCではマルチスレッドを用いて並列化する.OSは,PC上の並列処理でよく使われているLinuxではなく,通常のWindows NT/2000とし,通信はWMPI通信ライブラリ(Windows Message Passing Interface)を使用する.並列の方法には,空間分割法を用い,自動負荷分散を考慮する.空間分割法では相互作用の非常に小さい遠距離粒子をカットすれば,隣接PCとの通信のみで処理できる.その上,PC台数が多いほど,カットオフの判断に要する計算が減少し,並列化効果が台数効果を上回るという隠れた利点があることがわかった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2002-03-07
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