Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions(ProNIT) : Recent Developments

スポンサーリンク

概要

• 論文の詳細を見る
• 日本生物物理学会の論文
• 2003-08-25

著者

• 皿井 明倫

  理研

• 皿井 明倫

  九州工業大学

• 皿井 明倫

  九工大・情報工

• Gromiha M.Michael

  理研

• 北島 浩司

  九工大・情報工学科

• Kumar Shaji

  九工大・情報工学

• 上平 初穂

  産総研

• Gromiha M.michael

  Cbrc

• Gromiha Michael

  産総研・生命情報科学研究センター

• Gromiha Michael

  産総研・cbrc

• Prabakaran Ponraj

  NIH

• Prabakaran Ponraj

  理研・筑波研

• Prabakaran Ponraj

  米国立がん研究所

• Prabakaran Ponraj

  Department Of Chemistry Bharathidasan University

• 北島 浩司

  九工大・情報工学

関連論文

• 2P25 C-Myb R2R3の各種DNA配列に対する結合反応の熱力学的解析
• 特異的DNA認識におけるc-Myb R2の役割
• 1A1015 DNA結合タンパク質c-Mybの熱力学的安定性解析 : キャティでの非炭素原子を含む側鎖置換の効果
• 3PA003 c-Myb-DNA結合ドメインの変性状態の解析
• 1P136 DNA塩基と蛋白質アミノ酸の相互作用自由エネルギーランドスケープ(核酸,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P116 アミノ酸側鎖-核酸塩基対間の相互作用自由エネルギーマップ : Arg、LysおよびHis(核酸 B) 相互作用・複合体)
• アミノ酸側鎖による塩基配列認識 : 相互作用自由エネルギーマップと配列コンテクスト依存性
• 3P103蛋白質・DNA認識におけるアミノ酸・塩基相互作用の特異性 : 長鎖アミノ酸及び芳香族アミノ酸
• 1L1330 核酸塩基・アミノ酸相互作用の自由エネルギーランドスケープ : 蛋白質によるDNA認識における特異性
• 3PA122 転写因子のターゲット予測 : Structure-based法とab-initio法
• 等温滴定型カロリメータを用いたATPとウシ血清アルブミン(BSA)の吸着における熱力学的性質の検討
• 蛋白質・リガンド相互作用データベース、ProLINT、の開発とQSAR解析
• 1L1400 蛋白質・リガンド相互作用データベース、ProLINT、の開発と構造・活性相関への応用(1.蛋白質(D)機能,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 2P034蛋白質・リガンド相互作用データベース、ProLINT、の開発と応用
• 2S1-4 熱力学データと構造データの統合化(2S1 動き出したライフサイエンス統合データベース,第46回日本生物物理学会年会)
• 22aWB-6 DNAの構造ゆらぎと水和パターンの関係(22aWB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 3P130 DNAの柔らかさの塩基配列依存性と水和の関係(細胞生物学的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜)、水・水和、電解質,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 3P016 未構造タンパク質の機能と進化的特性の解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 3P015 ストラクチュロームでの分子ネットワークの構築と解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P257 DNA結合蛋白質における保存されたアミノ酸のネットワーク : ホットスポットの類似と予測への応用(生命情報科学(構造・機能・比較ゲノミクス),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P256 機械学習によるDNA結合サイトの予測 : 方法の改良とベンチマーク(生命情報科学(構造ゲノミクス),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P230 ORI-GENEを用いた必須遺伝子の進化系統解析(生命情報科学(比較ゲノミクス・分子進化),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P138 出芽酵母ゲノムの転写制御ネットワークの解析(核酸,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P131 蛋白質・DNA認識におけるDNAバックボーンコンフォメーションの役割(蛋白質(蛋白質工学・進化工学)、核酸結合蛋白質、核酸,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P001 酵母ゲノムでのDNA結合蛋白質の予測(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• S04H2 生体分子間相互作用の熱力学データベースと解析(立体構造から生体分子間相互作用の熱力学へ,シンポジウム,第45回日本生物物理学会年会)
• タンパク質のDNA認識メカニズムと予測
• 2P145 Molecular Dynamics Simulations of DNA : Application to the Specificity of Protein-DNA Recognition
• 2P144 蛋白質・DNA認識における協同性の分子メカニズム(核酸 B) 相互作用・複合体))
• 2P143 蛋白質-DNA認識における直接認識と間接認識の寄与バランス(核酸 B) 相互作用・複合体))
• 2P134 分子動力学によるDNA構造の配列依存的特性の解析(核酸 A) 構造・物性))
• 3P068 Latest developments in ProTherm : Thermodynamic Database for Proteins and Mutants
• 2P119 Indirect readout in protein-DNA recognition : evaluation of conformational energy of DNA from molecular dynamics simulations
• 2P115 転写調節蛋白質SYCRP1がSynechocystisゲノム上に結合する部位△Gに基づく予測と実験的検証(核酸 B) 相互作用・複合体)
• 黄色ブドウ球菌Protein AのBドメインの熱安定性に対する疎水性コアの寄与
• 2P110 分子動力学によるDNAの配列依存的構造特性の解析(核酸 A) 構造・物性)
• 1L1030 人工Cro蛋白質のデザイン(1.蛋白質(F)蛋白質工学/進化工学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 蛋白質・DNA複合体のQSAR解析
• 遺伝子資源シリ-ズ-2-遺伝情報銀行--バイオサイエンスにおける遺伝情報
• バイオインフォマティクスの過去,現在,そして未来へ向けて
• Mybの熱力学的安定性に対する理論と実験との複合的アプローチ : Cavity-fillingが天然状態の立体構造を安定化する証拠
• MybのDNA結合ドメインにおけるキャビティサイズの増減と構造安定性への影響
• 2Q17 Mybタンパク質DNA結合ドメインのcavity領域の側鎖置換と熱転移
• 3P104Update of ProNIT : Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
• 3P001ProTherm(蛋白質と変異体の熱力学データベース)の最近の進展と応用
• 1L1715 蛋白質-核酸相互作用の熱力学データベース
• 1A1145 蛋白質とその変異体の熱力学データベース : ProTherm第2版
• 3E1100 蛋白質・リガンド相互作用データベースの構築
• 1J1000 Real value prediction of accessible surface area in proteins
• 1M1445 蛋白質・DNA認識の特異性と酵母ゲノムレベルでの転写因子のターゲット予測(5.核酸(A)構造・物性(B)相互作用・複合体,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 2P118 Latest Developments in ProNIT : Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
• 2P117 タンパク質-核酸複合体形成の熱力学量と立体構造(核酸 B) 相互作用・複合体)
• Developments in ProTherm : Thermodynamic Database for Proteins and Mutants
• Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions(ProNIT) : Recent Developments
• ProNIT : タンパク質-核酸相互作用データベース(ゲノム・プロテオーム検索と解析のネットサイト)
• ProTherm : タンパク質と変異体の熱力学データベース(ゲノム・プロテオーム検索と解析のネットサイト)
• 1M1500 タンパク質-核酸相互作用の熱力学データベース(ProNIT)の進展と熱力学・構造の関係への応用(5.核酸(A)構造・物性(B)相互作用・複合体,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 1I1045 Recent developments in ProTherm : Thermodynamic Database for Proteins and Mutants
• タンパク質と変異体の熱力学データベース(ProTherm)入門
• 2A1600 蛋白質表面の変異による安定性変化の予測におけるRamachandran plot上の変異位置の重要性
• 3PA120 蛋白質・核酸相互作用データベース(Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions)
• 3PA080 Influence of Sequence and Structural Information in Predicting Protein Stability Changes at Various Ranges of Solvent Accessibility
• 3PA079 蛋白質とその変異体の熱力学データベース : ProTherm
• 2P103 転写因子とターゲット予測システムの構築(核酸結合蛋白質)
• 3PA121 マルチカノニカル・モンテカルロ法による塩基・アミノ酸の相互作用の計算
• 3P41 COSMOS90による巨大分子系の高速並列化分子動力学計算
• MHC foldingに対するペプチド残基の限定的寄与
• 3P008示差走査型熱量計を用いたペプチド-MHC II複合体の安定性
• 系統的-塩基置換による結合自由エネルギー変化から推測されるcAMP受容蛋白質-DNAの結合機構
• 2P114 Predictive annotation of DNA-binding residues and proteins based on sequence and structure information
• 3P101蛋白質によるDNA配列の直接認識と間接認識
• 1P042 グルカンスクラーゼ(Glucosyltransferase-I)におけるドメイン間相互作用 : C端系統的欠損体の酵素化学および物理化学的性質(蛋白質 B) 構造・機能相関)
• 3SA04 生体分子情報の統合化(生物情報データベースの高度化・標準化)
• 3DinSight : 生体分子統合データベース(ゲノム・プロテオーム検索と解析のネットサイト)
• 1M1430 Two Maximum Step-Size Monte-Carlo Simulation of DNA-Protein Interactions
• 1L1730 構造情報に基づく蛋白質・DNA認識特異性の定量化とターゲット予測への応用
• 2Q14 COSMOS90によるDNA結合蛋白質c-Mybの熱安定性の理論的解明
• 3P035 アミノ酸配列・立体構造・MD計算に基づく相同タンパク質分子の耐熱因子探索(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
• 蛋白質変異体の熱力学データベース
• A Novel Hydrogen - Bonded Duplex Made up of Water Molecules and Halide Ions in the Sandwich Inclusion Structures of (C_H_8N_3S)^+・X・2H_2O[X=Cl^-,Br^-]
• A Novel Hydrogen-Bonded Duplex Made up of Water Molecules and Halide Ions in the Sandwich Inclusion Structures of(C_H_8N_3S)^+・X・2H_2O[X=Cl^-, Br^-]
• 3P102蛋白質・DNA相互作用のマルチカノニカル計算とEngrailed Homeodomainへの応用
• 3PA123 転写因子のターゲット予測 : Sequence-based法とΔG-based法の比較

もっと見る 閉じる

スポンサーリンク