系統的-塩基置換による結合自由エネルギー変化から推測されるcAMP受容蛋白質-DNAの結合機構
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
- 日本生物物理学会の論文
- 2003-08-25
著者
-
陶山 明
東大院・総文・生命環境
-
皿井 明倫
理研
-
皿井 明倫
九州工業大学
-
高野 光則
早大・理工・物理
-
高野 光則
東大院・総文・生命
-
皿井 明倫
九工大・情報工
-
陶山 明
東大院・総文・生命
-
尾曲 克己
名古屋市立大学医学部
-
大森 正之
東大院・総合文化
-
吉村 英尚
東邦大・理
-
大森 正之
埼玉大・理
-
高野 光則
早稲田大学理工
-
高野 光則
東大院・総合文化
-
尾曲 克己
東大院・総文・生命
-
吉村 英尚
東大院・総文・生命
-
Dongyun Hao
Lab.of Mol.Enzy.& Eng.the Univ.of Jilin
-
Dongyun Hao
Lab.of Mol.enzy.& Eng.the Univ.of Jilin
-
陶山 明
東大院・総合・生命
関連論文
- 3P350 DNAでつくられた自律的に動作するチューリングマシン(その他))
- 2P25 C-Myb R2R3の各種DNA配列に対する結合反応の熱力学的解析
- 特異的DNA認識におけるc-Myb R2の役割
- 1A1015 DNA結合タンパク質c-Mybの熱力学的安定性解析 : キャティでの非炭素原子を含む側鎖置換の効果
- 3P073 ペプチドの状態間遷移における水の役割 : Transition Path Samplingの応用(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)
- 力場及びimplicit溶媒によるポテンシャルエネルギー曲面とダイナミクスの変化
- 1P136 DNA塩基と蛋白質アミノ酸の相互作用自由エネルギーランドスケープ(核酸,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 2P116 アミノ酸側鎖-核酸塩基対間の相互作用自由エネルギーマップ : Arg、LysおよびHis(核酸 B) 相互作用・複合体)
- アミノ酸側鎖による塩基配列認識 : 相互作用自由エネルギーマップと配列コンテクスト依存性
- 3P103蛋白質・DNA認識におけるアミノ酸・塩基相互作用の特異性 : 長鎖アミノ酸及び芳香族アミノ酸
- 1L1330 核酸塩基・アミノ酸相互作用の自由エネルギーランドスケープ : 蛋白質によるDNA認識における特異性
- 3PA122 転写因子のターゲット予測 : Structure-based法とab-initio法
- 1P222DNAコンピューティングによる遺伝子発現計測
- 1P135 ハイブリダイゼーション速度が速くなるように考慮されたDNA配列の設計手法(蛋白質(蛋白質工学・進化工学)、核酸結合蛋白質、核酸,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 2P124 DNAのHybridization反応の速度論的解析(核酸 A) 構造・物性))
- 2P301 自律的に動作する分子コンピューターによる核酸配列の変換(バイオエンジニアリング)
- 2P300 超並列的に動作するヘアピンDNA分子メモリ(バイオエンジニアリング)
- 2P299 基板上に固定したヘアピンDNAを用いた分子メモリの開発(バイオエンジニアリング)
- 2P109 融解温度が一様なDNAに関するHybridization反応の速度論的解析(核酸 A) 構造・物性)
- ヘアピン型DNAを利用した分子メモリシステムの構築
- 等温滴定型カロリメータを用いたATPとウシ血清アルブミン(BSA)の吸着における熱力学的性質の検討
- 3R1545 ハイブリッドDNAコンピュータによるNP完全問題の解法(28.バイオエンジニアリング,一般講演,日本生物物理学会第40回年会)
- 3PD036 DNA分子コンピュータによるNP完全問題の解法
- 蛋白質・リガンド相互作用データベース、ProLINT、の開発とQSAR解析
- 2S1-4 熱力学データと構造データの統合化(2S1 動き出したライフサイエンス統合データベース,第46回日本生物物理学会年会)
- 22aWB-6 DNAの構造ゆらぎと水和パターンの関係(22aWB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 3P130 DNAの柔らかさの塩基配列依存性と水和の関係(細胞生物学的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜)、水・水和、電解質,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 3P016 未構造タンパク質の機能と進化的特性の解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 3P015 ストラクチュロームでの分子ネットワークの構築と解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P257 DNA結合蛋白質における保存されたアミノ酸のネットワーク : ホットスポットの類似と予測への応用(生命情報科学(構造・機能・比較ゲノミクス),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P256 機械学習によるDNA結合サイトの予測 : 方法の改良とベンチマーク(生命情報科学(構造ゲノミクス),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P230 ORI-GENEを用いた必須遺伝子の進化系統解析(生命情報科学(比較ゲノミクス・分子進化),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P138 出芽酵母ゲノムの転写制御ネットワークの解析(核酸,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P131 蛋白質・DNA認識におけるDNAバックボーンコンフォメーションの役割(蛋白質(蛋白質工学・進化工学)、核酸結合蛋白質、核酸,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 1P001 酵母ゲノムでのDNA結合蛋白質の予測(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- S04H2 生体分子間相互作用の熱力学データベースと解析(立体構造から生体分子間相互作用の熱力学へ,シンポジウム,第45回日本生物物理学会年会)
- タンパク質のDNA認識メカニズムと予測
- 2P145 Molecular Dynamics Simulations of DNA : Application to the Specificity of Protein-DNA Recognition
- 2P144 蛋白質・DNA認識における協同性の分子メカニズム(核酸 B) 相互作用・複合体))
- 2P143 蛋白質-DNA認識における直接認識と間接認識の寄与バランス(核酸 B) 相互作用・複合体))
- 2P134 分子動力学によるDNA構造の配列依存的特性の解析(核酸 A) 構造・物性))
- 3P068 Latest developments in ProTherm : Thermodynamic Database for Proteins and Mutants
- 2P119 Indirect readout in protein-DNA recognition : evaluation of conformational energy of DNA from molecular dynamics simulations
- 2P115 転写調節蛋白質SYCRP1がSynechocystisゲノム上に結合する部位△Gに基づく予測と実験的検証(核酸 B) 相互作用・複合体)
- 黄色ブドウ球菌Protein AのBドメインの熱安定性に対する疎水性コアの寄与
- 25pPSB-53 キネシン-微小管の相互作用エネルギー地形(ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 1P010 アクチンGF変換の分子動力学シミュレーション(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 25pPSB-54 F1Fo回転モーターにおけるファインマン・ラチェット機構(ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
- 3P161 化学ポテンシャルに駆動されるFoモーターにおける分子動力学シミュレーション(分子モーター))
- 2P110 分子動力学によるDNAの配列依存的構造特性の解析(核酸 A) 構造・物性)
- 1L1030 人工Cro蛋白質のデザイン(1.蛋白質(F)蛋白質工学/進化工学,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 蛋白質・DNA複合体のQSAR解析
- 遺伝子資源シリ-ズ-2-遺伝情報銀行--バイオサイエンスにおける遺伝情報
- 2P029蛋白質分子の大きな構造変化を再現するための粗視化モデル
- 分子動力学計算でみた水中でのPolyalanineのHelix-Coil転移 : Folding dynamicsとEnergetics
- 3P314 Rugged Energy Landscapeを持つ力学系(非平衡・生体リズム))
- バイオインフォマティクスの過去,現在,そして未来へ向けて
- MybのDNA結合ドメインにおけるキャビティサイズの増減と構造安定性への影響
- S02I3 DNAコンピュータ技術のバイオテクノロジーとナノテクノロジへの応用(分子コンピュータと分子通信:生物機能を利用した新たな情報処理・情報通信システム,シンポジウム,第45回日本生物物理学会年会)
- 2P118 Latest Developments in ProNIT : Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions
- 2P117 タンパク質-核酸複合体形成の熱力学量と立体構造(核酸 B) 相互作用・複合体)
- Developments in ProTherm : Thermodynamic Database for Proteins and Mutants
- Thermodynamic Database for Protein-Nucleic Acid Interactions(ProNIT) : Recent Developments
- ProNIT : タンパク質-核酸相互作用データベース(ゲノム・プロテオーム検索と解析のネットサイト)
- ProTherm : タンパク質と変異体の熱力学データベース(ゲノム・プロテオーム検索と解析のネットサイト)
- DNAコンピュータによるハミルトン経路問題の解法
- 2P103 転写因子とターゲット予測システムの構築(核酸結合蛋白質)
- 3PA121 マルチカノニカル・モンテカルロ法による塩基・アミノ酸の相互作用の計算
- 3P41 COSMOS90による巨大分子系の高速並列化分子動力学計算
- 新しい計算パラダイム
- MHC foldingに対するペプチド残基の限定的寄与
- 3P008示差走査型熱量計を用いたペプチド-MHC II複合体の安定性
- 系統的-塩基置換による結合自由エネルギー変化から推測されるcAMP受容蛋白質-DNAの結合機構
- 1M1515 Binding Free Energy Changes for the interaction of SYCRP1 with DNA by Systematic Base Pair Substitution
- 分子モーターの動作原理解明に向けた分子動力学計算
- 3P148 Gアクチン構造状態の核酸依存性とFアクチン形成との連関(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 3P036 Janus-type Go modelを用いたプリオンの構造変換シミュレーション(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
- 2P029 分子動力学計算によるアクチンの構造状態遷移(蛋白質 B) 構造・機能相関))
- 26pYW-6 ミオシン分子の構造ゆらぎ : 弾性体モデルの基準振動解析とJanus-GoモデルによるMD計算(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 26pYW-2 Folding速度と鎖長および天然構造トポロジーとの相関 : 温度依存性と相反性(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 1P051 Off-lattice Janus-type Goモデルによるモーター蛋白質構造変化の分子動力学計算(蛋白質 B) 構造・機能相関)
- Janus-type Goモデルを用いたフォールディング過程における中間構造蓄積量決定因子の探求
- 仮想的な構造データベースを用いた経験的ポテンシャルの検証
- 1I1645 3次元格子Goモデルの非ガラス的ダウンヒルフォールディング過程(1.蛋白質(C)物性,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
- 3PA055 All-atom model simulation (MD)からのIsing-based helix-coil transition modelの妥当性の検討
- 2P114 Predictive annotation of DNA-binding residues and proteins based on sequence and structure information
- 3P101蛋白質によるDNA配列の直接認識と間接認識
- 既合成DNA末端固定法によるDNAチップ作製法の開発
- 1S03 DNAチップを用いた塩基配列の高速探査
- 1P042 グルカンスクラーゼ(Glucosyltransferase-I)におけるドメイン間相互作用 : C端系統的欠損体の酵素化学および物理化学的性質(蛋白質 B) 構造・機能相関)
- 3SA04 生体分子情報の統合化(生物情報データベースの高度化・標準化)
- 3DinSight : 生体分子統合データベース(ゲノム・プロテオーム検索と解析のネットサイト)
- 1M1430 Two Maximum Step-Size Monte-Carlo Simulation of DNA-Protein Interactions
- 2Q14 COSMOS90によるDNA結合蛋白質c-Mybの熱安定性の理論的解明
- 1P219DNAコンピュータの新しいアーキテクチャおよび3充足可能性問題の計算
- 1P009 ミオシン分子モータードメインにおけるリガンド依存的アロステリック構造変化に関する分子動力学計算(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
- 2P191 アクトミオシンの分子間相互作用エネルギー地形(分子モーター))
- 21pXG-9 アクチン-ミオシン間の相互作用エネルギーの解析(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
- 3P102蛋白質・DNA相互作用のマルチカノニカル計算とEngrailed Homeodomainへの応用
- 3PA123 転写因子のターゲット予測 : Sequence-based法とΔG-based法の比較