Contigの<i>k</i>-mer coverage値の分布特徴量を用いたDouble assembly methodの提案
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概要
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高速処理機能を搭載したギガシークエンサより獲得した読み取り配列は、多くの読み取りミスを含んでいる。読み取りミスの部位を除去し信頼性の高い結合配列を生成するために、Velvet、ABySS、SSAKE といった、k-mer を用いた de novo assembly method が多く提案されてきた。しかし用いるアセンブリ手法や k 値にアセンブリの結果が依存している事から、本研究では異なる従来手法、k 値により生成した contig に対し、contig を生成する k-mer の coverage 値の分布情報をもとに生成した配列結合ルールを用いた double assembly を提案した。提案手法の検証には、評価値として出力 contig の正解率、被覆率を用いた。
- 2013-12-04
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