蛋白質ポケット=アミノ酸間距離とdruggabilityの相関性の可視化
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概要
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人体の主成分である蛋白質は,アミノ酸が多数連結して複雑に折りたたまれることで,固有の立体構造を形成する.薬は蛋白質表面上の窪み (ポケットと呼ぶ) に入り込みやすいことが知られている.そこで我々は,薬との親和性と,アミノ酸のポケット内で位置関係がどのように関係しているか分析している.その一環として本報告では,ポケットとアミノ酸の距離分布分析のための可視化ツールを提案する.本手法では,蛋白質表面形状から抽出された各ポケットに対して最深部を求め,アミノ酸を構成する各原子との距離を算出し,その分布を可視化する.本報告では可視化結果から得られた傾向を示し,その生物的解釈の可能性について推察する.
- 2013-09-12
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