de novo assembler Velvetのメモリ使用量を削減するプロセス並列手法

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概要

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• Velvetは次世代シーケンサ装置から出力される短Read配列のアセンブルを得意とし,広く利用されているde novoアセンブラである.しかし,Velvetは処理に多くのメモリを消費するため,長大なDNA配列を持つ生物種の処理には大容量メモリマシンを用意する必要がある.我々は,この問題を解決するために,Velvetのプロセス並列化を実施した.本稿では,Velvetの1構成プログラムであるvelvethのプロセス並列化手法を提案し,提案手法の実装・評価を行い,提案手法の効果を確認した.この手法により,標準的なPCクラスタシステムで大量配列アセンブルが可能になる.

• 2012-03-21

著者

• 成瀬 彰

  株式会社富士通研究所

• 重元 康昌

  富士通株式会社

• 宇治橋 善史

  株式会社富士通研究所

• 宮本 青

  富士通株式会社

• 北館 智

  富士通株式会社

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