Blue Gene/Pにおける第一原理分子動力学ソフトウェアPHASEの最適化
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概要
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IBM Blue Gene/Pは,IBM Blue Geneソリューションの最新機種であり,ノード内 4 コアでのメモリ共有が可能となるなどいくつかの機能向上が図られている.本論文では,この Blue Gene/P において第一原理分子動力学ソフトウェア PHASE の最適化を行った.単体ノード性能の向上のために,キャッシュブロッキングのブロックサイズの選定,SIMD 演算命令利用のためのコード修正,FFT ライブラリの置き換えを行った.また,スケーラビリティ向上のため,MPI と OpenMP のハイブリッド並列化を行った.オリジナルコードに対して約 1.8 倍の単体ノード性能の向上を実現し,また,ハイブリッド並列化によりスケーラビリティが向上することを確認した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2009-07-02
著者
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