細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する

スポンサーリンク

概要

• 論文の詳細を見る

• The bacterial flagellar filament controls the swimming mode of bacteria by its polymorphic structural change. We investigated dynamics of the flagellar filament by massive molecular dynamic simulation and found that three types of inter-molecular interactions, permanent, sliding and switch interactions, play essential roles in the structural change. The polymorphic structure of the flagellar filament is thought to be due to energy frustration between intra- and inter-molecular interactions.

• 日本生物物理学会の論文
• 2008-01-25

著者

• 北尾 彰朗

  東大・分生研

• 北尾 彰朗

  東大分生研

• 難波 啓一

  大阪大学大学院生命機能研究科

• 今田 勝巳

  大阪大学大学院生命機能研究科:科学技術振興機構icorpダイナミックナノマシンプロジェクト

• 今田 勝巳

  大阪大学大学院生命機能研究科

• 今田 勝巳

  阪大・院・生命機能・ナノ生体

• 北尾 彰朗

  東京大学分子細胞生物学研究所:jst Crest

• 今田 勝巳

  大阪大学大学院理学研究科

• 今田 勝巳

  大阪大学大学院・理学研究科

• 今田 勝巳

  阪大・院理・高分子

関連論文

• 1P037 MutTの基質結合にともなう構造変化と基質認識(蛋白質 B) 構造・機能相関))
• 1P058 MutTの構造変化と基質認識の関連(蛋白質 B) 構造・機能相関)
• 分子動力学法によるMutTの8-oxo-dGMP認識機構解明
• 2P184 サルモネラ菌べん毛ロッドキャップ蛋白質FlgJの結晶化と予備的X線構造解析(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P183 サルモネラ菌べん毛タイプIII輸送装置構成蛋白質FliJの性質と結晶化(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P182 サルモネラ菌由来べん毛分泌型シャペロンの結晶化と予備的X線結晶構造解析(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P178 サルモネラ菌mot変異株のべん毛モータ回転における細胞内pHの影響(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P070 サルモネラ菌べん毛蛋白質輸送装置サブユニットFlhAC温度感受性変異体の物理化学的測定(蛋白質(物性(安定性、折れ畳みなど)),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 海産性好熱性細菌 Rhodothermus marinus 由来イソアミラーゼの精製，性質検討及びＸ線結晶構造解析
• 20aED-2 中性子非弾性散乱によるタンパク質の低エネルギーダイナミクスに対する水和効果(20aED 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 近畿地区からのたより
• 非弾性散乱の生物への応用について
• スタッフとオーガナイザーからの報告 : OIST International Workshop on Single Molecule Analysis 2006.04.16-22(談話室)
• 生物物理若手奨励賞 : 発足の背景と第1回選考経過報告(談話室)
• 他分野でいま何が話題?(1)生物物理学 タンパク質の構造と機能から生命現象を解明する!
• 原子間相互作用から生命機能へ
• 高精度でしなやかな生体超分子ナノマシン
• 3P181 プロトン駆動型べん毛モーターにおけるステップ特性の観察(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 3P180 pH感受性蛍光蛋白質フルオリンを用いた細菌の細胞内pH測定(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P192 べん毛蛋白質輸送装置の輸送基質特異性の適切な切り替えにおけるFliKN((フック長制御蛋白質FliKのN末ドメイン)の役割(細胞生物学的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P191 バクテリアベん毛蛋白質輸送におけるFliI ATPaseとプロトン駆動力の役割(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P190 細菌べん毛モーター固定子タンパク質MotBのベリプラズム側断片の精製と結晶化(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P186 べん毛3型蛋白質輸送装置のATPase,FliIにおける触媒部位の変異の影響(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 分子物差しと分子時計による細菌べん毛タンパク質の輸送特異性スイッチ機構(トピックス)
• 1P192 細菌べん毛特異的タンパク質輸送装置の膜タンパク質サブユニットFlhA細胞質ドメインのX線結晶構造解析(接着・運動・骨格・伝達・膜)))
• 22aWB-5 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱による蛋白質表面における水の集団運動の観察(22aWB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 23pRC-6 蛋白質の非干渉性中性子弾性散乱データに関する理論的考察(23pRC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 3P063 非干渉性弾性中性子散乱実験に見られる非ガウス性からの蛋白質ダイナミクス情報抽出の試み(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
• 3P098 非干渉性弾性中性子散乱プロファイルと蛋白質ダイナミクスの相関(蛋白質 C) 物性 : 安定性、折れたたみなど)
• 分子動力学計算を用いた活性部位の動的性質の解明
• 28pVC-4 分子シミュレーションで探る蛋白質のテラヘルツ時間領域分光データー(28pVC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 1P079 分子シミュレーションと中性子干渉性散乱で探る蛋白質の協奏的運動(蛋白質(計測解析の方法論),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 19pTC-4 非干渉性中性子散乱によるタンパク質の動力学転移における水和水の挙動解析(生物物理,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 23pRC-5 中性子非弾性散乱によるタンパク質ダイナミクスの水和効果(23pRC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 27aTH-8 分子シミュレーションで探る中性子干渉性散乱による蛋白質のドメイン運動観測の可能性(27aTH 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 蛋白質の効率的機能を支えるメカニズム--蛋白質のエネルギー地形とダイナミクス
• 3P038 分子シミュレーションによる蛋白質のボゾンピーク研究(蛋白質 C) 物性(安定性、折れたたみなど)))
• 21pXG-4 分子シミュレーションで探る中性子準弾性散乱による蛋白質の非調和運動観測の可能性(生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 1P080 分子シミュレーションで探る蛋白質中性子非弾性散乱実験の可能性(蛋白質 E) 計測・解析の方法論)
• 15aTA-1 分子シミュレーションによる蛋白質のボゾンピーク研究(生物物理, 領域 12)
• 1J1600 分子シミュレーションによる生体高分子の中性子散乱スペクトル解析 : 蛋白質の協奏的運動は(Q,w)-spaceのどこで観測できるのか?(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• 1P036 結晶構造と量子化学計算に基づく細菌NAD依存型イソクエン酸脱水素酵素の反応機構(蛋白質 B) 構造・機能相関))
• 1P296 シアノバクテリア時計関連蛋白質SasAの生化学的構造解析(数理生物学、非平衡・生体リズム,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2-B-13 NAD依存型イソクエン酸脱水素酵素の量子酵素化学(第57回大会一般研究発表)(第57回大会研究発表要旨)
• 1P184 細菌走化性受容体の結晶化によるリガンド認識とシグナル伝達メカニズムの解析(化学受容,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2S3-1 結晶構造が明らかにするべん毛モーターの機能(2S3 超分子ナノマシン細菌べん毛の機能に迫る,第46回日本生物物理学会年会)
• 藍色細菌の時計タンパク質 KaiB のX線結晶構造解析及び機能領域の探索
• 細菌べん毛繊維は分子間相互作用とフラストレーションを利用して超らせん構造の変化を制御する
• 3P198 Dynamic residue paring for the universal joint mechanism of the flagellar hook
• 2P135 Mechanism of flagellar hook bending flexibility revealed by molecular dynamic simulation of protofilament extension and compression
• 1P056 分子動力学シミュレーションによる細菌べん毛繊維の超らせん構造変化(蛋白質 B) 構造・機能相関)
• 3P021 サルモネラ由来のFliM-FliN,FliM-FliN-FliH-FliI複合体の精製とその性質(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 27aVC-8 全原子モデルと粗視化モデルを併用した生体高分子系における効率的自由エネルギー計算手法の開発(27aVC 光応答・光散乱・化学反応・状態変化・シミュレーション手法,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 3S1-5 レア・イベントとしてのタンパク質ダイナミクスと複合体形成(3S1 レア・イベントから創薬へ,第46回日本生物物理学会年会)
• 2P285 バクテリオファージT4の感染初期過程(生体膜・人工膜,口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P013 Dynomics portal : An integral effort on developing and organizing dynamics web servers/databases(Proteins-structure and structure-function relationship,Oral Presentations)
• 1P007 タンパク質ユビキチンのNMR緩和と分子シミュレーション(蛋白質(構造・構造機能相関),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 1P100 リガンド結合とドメイン運動に伴う蛋白質の水和構造変化(蛋白質 D) 機能(反応機構、生物活性など)))
• 1P317 DNAの相補性を利用した半導体微粒子の規則的配列の作製(バイオエンジニアリング,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 生体超分子ナノマシンと自己組織化
• 自己組織化の原理をナノマシンに活かす (Special Issue【特集】 DNA,タンパク質の自己組織化)
• 大規模分子動力学法で観る細菌べん毛繊維の構造変化
• べん毛モーター超分子機械の構造生物学
• 3K0945 分子動力学シミュレーションによるべん毛タンパク質flagellinのダイナミクス(1.蛋白質(B)構造・機能相関,一般講演,日本生物物理学会第40回年会)
• 1P33 lysozyme結晶のラマンスペクトルの基準振動による解析
• 3P186 細菌べん毛モーター・スイッチ複合体の構造解析(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P027 極低温電子顕微鏡によるべん毛ロッドの構造解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 2P180 重合前のフラジェリンのconformationの解析(細胞生物的課題(接着・運動・骨格・伝達・膜),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 生体超分子のユニバーサルジョイント--in silicoで探る細菌べん毛フックのメカニズム (生命秩序を担う生体超分子) -- (巨大構造体の形成・機能発現における超分子相互作用)
• さまざまな観点からのタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の計算
• 1K1615 多次元パラボラエネルギーモデルによるタンパク質MDのトラジェクトリ必要長の計算(1.蛋白質(C)物性(E)計測・解析の方法論,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
• JAMモデルを使って生体高分子のゆらぎを探る(2000年度基礎物理学研究所研究会「モンテカルロ法の新展開2」,研究会報告)
• 2P058多次元パラボラエネルギーモデルを用いたタンパク質立体構造サンプリング問題へのアプローチ
• 2P030中性子散乱スペクトルの理論的解析 : 蛋白質の動的構造に対する溶媒とポテンシャル面非調和性の効果
• S1E01蛋白質のダイナミクスをどのように観るか?
• 主成分分析を使って眺めた蛋白質のエネルギー地形(研究詳解) (特集 地図を描く・風景を眺める--主成分分析・多次元尺度法とその周辺)
• Val-Ala変異型蛋白質の安定性変化に関する理論的解析
• 1P046 生体分子の自由エネルギー地形の解析(蛋白質(機能・計測解析の方法論・蛋白質工学),口頭発表,第45回日本生物物理学会年会)
• 21pTC-6 生体分子を対象とした新規アンブレラサンプリング法の開発(化学物理一般(光応答・電子状態・シミュレーション),領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)
• 1P53 SH 3ドメインの基質認識におけるループの働き
• Best Shot 写真でひもとく未来材料 ナノスケールの回転モーター
• 2P181 Crystallization trial of the bacterial flagellar rod proteins(Cell biological problems-adhesion, motility, cytoskeleton, signaling,and membrane,Poster Presentations)
• 28aGV-5 異方性の高いシステムのためTransform and Relax Sampling(28aGV 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 実験と理論のハイブリッドから機能に関わるタンパク質のダイナミクスを観る
• 理論計算からタンパク質の変性構造を探る
• 22pXA-1 中性子非弾性散乱から蛋白質ダイナミクスのどのような情報が得られるか?
• 1D1600 中性子散乱スペクトルの理論的解析
• 1D0945 新しい立体構造精密化法を用いてTCRの溶液中の構造とダイナミクスを探る
• 2PA056 NMRと分子シミュレーションから生体高分子の立体構造とダイナミックスを決定するための新たな方法
• 2Q11 天然状態における蛋白質のダイナミックスとエネルギーランドスケープ
• 1Q40 蛋白質の安定性と変性状態の構造
• 低温電子顕微鏡法によるアクチン繊維の高分解能構造解析
• 23aGN-4 Transform and Relax Samplingによるタンパク質の構造変化解析(23aGN 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 23pGN-5 機能を生み出すタンパク質の異方的ダイナミクス(23pGN 領域12シンポジウム:ハイ・パフォーマンス・コンピューティング(HPC)を使った生体分子のシミュレーション:その現状と課題,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))
• 低温電子顕微鏡法によるアクチン繊維の高分解能構造解析
• 輸送シャペロンFliTの構造とべん毛形成制御の分子機構
• 未来へ
• 統合バイオイメージング公開シンポジウム:「医学・生命科学の革新的発展に資する統合バイオイメージングの展望」報告
• 宇宙へ
• 細菌べん毛モータの最先端工学性能 : 生物に学んだ極省エネルギーシステムの実現可能性(生物に学ぶ機械工学〜持続可能な社会を拓くバイオミメティクス〜)

もっと見る 閉じる

スポンサーリンク