Parallel netCDFインタフェースによる計算機間集団型入出力機能の実装(Session 3:Cluster/Grid)
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概要
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netCDF(Network Common Data Form)は、計算アプリケーションにおける多次元データに対し,自己記述的で可搬性の高いデータ形式をサポートする入出力インタフェースを定めており,C及びFortranインタフェースが提供されている.さらに近年,並列入出力機能をサポートしたparallel netCDFが開発されている.parallel netCDFでは,netCDFのデータ形式をサポートしつつ,MPI-I/Oライブラリを用いる事で並列入出力の機能を実現している.しかし,異なるMPIライブラリを持つ計算機間ではこの機能は利用できない.このような環境でもこの機能を実現するために,種類の異なる計算機間で透過的なMPI-I/O操作を実現するStampiを用い,数種類の関数について機能の実装を行った.さらに実装した機能の性能をネットワークで繋がれたPCクラスタ間で計測を行い,データ長が大きい時には十分利用可能である事を確認した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2006-10-05
著者
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