Loop-Structured-Computer によるアミノ酸配列ペアワイズアライメント
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概要
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DP法によるアミノ酸配列ペアワイズアライメントを用いたデータベースのホモロジー検索は長時間の計算を要する問題であり、これまでいくつかの並列処理による高速化の試みがなされている。本研究では、データフロー型の並列計算機であるLoop-Structured-Computer(LSC)上でその並列処理を行うことを試みた。ソースコードの記述は複雑で膨大となり、手動による作成は不可能に近い。そこで、与えられた2本のアミノ酸配列、ギャップコスト、一致・不一致のスコアに対するソースコードを自動的に生成するプログラムジェネレータを考案することによって、LSC上でアミノ酸配列ペアワイズアライメントの結果を正しく得ることができた。さらに、使用するPE数と計算時間の関係、速度向上率についても検討した。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2000-06-26
著者
-
清水 俊夫
弘前大学理工学部電子情報工学科
-
吉岡 良雄
弘前大学理工学部電子情報システム工学科
-
清水 俊夫
弘前大・理工・電子情報システム工
-
清水 俊夫
弘前大学理学部情報科学科情報システム工学講座
-
吉岡 良雄
弘前大学理工学部
-
菊池 信明
弘前大学理工学部電子情報工学科
-
李 中民
弘前大学理工学部電子情報工学科
-
Lao Demelo
弘前大学理工学部電子情報工学科
-
Polulyakh Natalia
弘前大学理工学部電子情報工学科
-
清水 俊夫
弘前大
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