分類子システムを用いた蛋白質膜貫通領域の識別

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概要

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蛋白質は20種類のアミノ酸がつながってできている。特に膜蛋白質には細胞膜を縫うようにはまり込んだ膜貫通領域と呼ばれる部分があり、この部分を(文字列としての)アミノ酸配列から予測しようという試みが分子生物学の分野で為されている。一方、AI分野ではより単純化された「アミノ酸配列が膜貫通領域であるかどうかを識別する」問題がAIの応用問題として取り上げられてきた。これまでのAIアプローチとしては、決定木を用いたものを始めとして色々なものが考えられてきたが、この論文では分類子システムを用いた試みを紹介する。この実験では、PIRデータベースに登録されたアミノ酸配列の中で膜貫通領域とされている689個の部分を正例、膜貫通領域以外の部分から取り出した19256個の部分を負例とし、これらの一部を訓練事例、残りをテスト事例とした。これらの事例は、例えば次の様なものである。
一般社団法人情報処理学会の論文
1996-09-04

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