ゴルジ膜貫通領域に着目した糖転移酵素の判別
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概要
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ヒトゲノムからの糖転移酵素遺伝子の網羅的発見を目指し、我々は糖転移酵素のほとんどを占めるゴルジ膜局在シグナルアンカー型の糖転移酵素 (GT) における膜貫通領域を判別する計算機的手法の開発を行った。糖転移酵素のアミノ酸配列が持つ物理化学的性質を、膜存在形態の似た細胞膜局在シグナルアンカー型膜タンパク質 (PM) やシグナルペプチド (SP) を持つタンパク質と比較した結果、糖転移酵素の特徴を抽出することに成功した。疎水性アラインメント位置におけるアミノ酸出現頻度から求めた位置特異的スコアマトリックスから、GTのゴルジ膜貫通領域は95%以上の感度と選択性でPMやSPから高精度に判別することができた。糖転移酵素のゴルジ膜貫通領域判別アルゴリズムを用いることにより、糖転移酵素遺伝子発見の効率化が期待される。
著者
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Tomii Kentaro
Computational Biology Res. Center (cbrc) National Inst. Of Advanced Industrial Sci. And Technol. (ai
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Suwa Makiko
Computational Biology Research Center (cbrc) National Institute Of Advanced Industrial Science And T
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Asai Kiyoshi
Computational Biology Research Center National Institute Of Advanced Industrial Science And Technolo
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Tomii Kentaro
Computational Biology Research Center (cbrc) National Institute Of Advanced Industrial Science And T
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Hirokawa Takatsugu
Computational Biology Research Center (cbrc) National Institute Of Advanced Industrial Science And T
-
Hirokawa Takatsugu
Computanonal Bloinformatics Research Center Aist
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Akiyama Yutaka
Computational Biology Research Center
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Mukai Yuri
Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and
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Mukai Yuri
Department Of Electronics And Bioinformatics School Of Science And Technology Meiji University
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HIROKAWA Takatsugu
Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
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Mukai Yuri
Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
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Asai Kiyoshi
Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
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Akiyama Yutaka
Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
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Tomii Kentaro
Computational Biology Research Center (CBRC), National Institute of Advanced Industrial Science and Technology (AIST)
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