並列オブジェクト指向言語ABCL/fによるRNAの2次構造予測
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概要
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並列オブジェクト指向言語ABCL/fと並列計算機AP1000+を用いた一本鎖RNAのエネルギー的に安定な2次構造の予測について論じる。塩基列から抽出された「スタック領域」の組合せを調べる探索木を並列計算機のプロセッサ上に並列に生成することで、エネルギー的安定解を求めている。従来の2次構造予測法が最安定解を唯一つ求めるものであるのに対し、我々の並列アルゴリズムは上位K kcal(Kはパラメータ)の安定構造を全て求めることができる。アルゴリズム中で用いた、探索木の枝刈と動的なロードバランスの有効性についても述べる。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 1995-08-24
著者
-
田浦 健次朗
東大 大学院情報理工学系研究科
-
田浦 健次朗
東京大学理学系研究科情報科学専攻
-
米澤 明憲
東京大学理学系研究科情報科学専攻
-
米澤 明憲
東京大学理学部情報科学科
-
中谷 明弘
東京大学理学部情報科学科
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