分子動力学専用計算クラスタの開発とそれを利用した計算資源提供型グリッドの試み(グリッド応用)

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概要

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• タンパク質など生体関連巨大分子系のための分子動力学計算専用PCクラスタの開発と,そのグリッド上での利用の試みについて報告する.専用クラスタを構成する計算ノードは,通常のPCに二体相互作用専用計算ボードを装着したものである.この専用計算ボードと高速多重極法の併用に,より,分子動力学計算のボトルネックであるCoulomb二体相互作用の求値を,数値精度を維持したままで高速化した.4ノードからなるクラスタで,通常の高速アルゴリズム計算のおよそ46.8倍の速度を達成した.また,そのような専用クラスタの計算パワーを,計算グリッド技術を用いて遠隔地のユーザに提供するための機能を2種類のアプローチで実現した.1つは,Ninf-Gを利用したGrid RPC計算であるが,計算パワーの伝達において,ある程度のロスがみられた.しかしながら,遠隔地の利用者は桁違いの計算性能を入手できることに変わりはなく,また,RPC方式の柔軟なプログラム開発が可能といった利点や今後の高速ネットワークの普及を考えると利用価値は高いと思われた.もう1つのアプローチは,計算と通信のオーバラップにより,エネルギーや原子位置の時間推移(すなわち座標トラジェクトリ)を遠隔地からモニタする方式で,Globus Toolkitを用いて実現した.この場合は,オーバヘッドをほとんど生ずることなしに,遠隔地の専用クラスタを利用することが可能であった.

• 一般社団法人情報処理学会の論文
• 2004-05-15

著者

• 藤原 伸一

  鳥取大・医・保健

• 藤原 伸一

  鳥取大学医学部生体制御学講座

• 網崎 孝志

  鳥取大学医学部附属病院薬剤部

• 網崎 孝志

  鳥取大・医・保健

• Fujiwara Shin-ichi

  Department Of Biological Regulation Faculty Of Medicine Tottori University

• Fujiwara Shin-ichi

  Tottori University

• 藤原 伸一

  鳥取大学

• 網崎 孝志

  鳥取大学

• Fujiwara Shin-ichi

  Fac. Med., Tottori Univ.

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