Protein Experimental Information Management System (PREIMS) Based on Ontology: Development and Applications

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概要

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• We developed a new information management system, Protein Experimental Information Management System (PREIMS), which has the ontology-based functions for quality control, validation, scalability, and information sharing. Its contents are mainly experimental protocols for the analyses of protein structures and functions, and their results. They are stored separately in the PREIMS database (DB), as the ontology based protocol data and the result data. The synchrotron experimental information was stored as the latter result data in Extensible Markup Language (XML). Furthermore we converted those protocols in the format of Resource Description Framework (RDF) for integration with other biological information resources.

著者

• Date Susumu

  Cybermedia Center Osaka Univ.

• Nakamura Haruki

  Institute For Protein Research

• Okumura Toshiyuki

  Mitsui Knowledge Industry Co., Ltd.

• Kozaki Kouji

  Institute of Scientific and Industrial Research, Osaka University

• Ikeda Takashi

  NEC Informatec Systems, Ltd.

• Ohno Tadashi

  Mitsui Knowledge Industry Co., Ltd.

• Sato Junko

  Institute for Protein Research, Osaka University

• Handa Susumu

  NEC Informatec Systems, Ltd.

• Saka Ryotaro

  NEC Informatec Systems, Ltd.

• Tomizuka Kohei

  NEC Informatec Systems, Ltd.

• Nishiyama Yugo

  NEC Informatec Systems, Ltd.

• Hirai Shinichi

  Mitsui Knowledge Industry Co., Ltd.

• Ohta Mamoru

  Enegate Co., Ltd.

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