Consistent Molecular Dynamics Scheme Applying the Wolf Summation for Calculating Electrostatic Interaction of Particles(Atomic and molecular physics)

スポンサーリンク

概要

• 論文の詳細を見る

• We investigate the charge-neutralized summation method proposed by Wolf et al. for evaluating in a very simple manner the electrostatic interaction of a point particle system. We argue conceptional and problematic aspects encountered in the application of this method to molecular dynamics calculation. A novel molecular-dynamics formulation for this method is then proposed and we describe how it resolves formal and practical difficulties in previous approaches. Theoretically consistent force, pairwise potential, and the total energy including a suitable energy correction accompanied by a potential-function deformation are given. To clarify the new concept, the relationship between the charge neutrality and the mirror-image charge expression is discussed.

• 社団法人日本物理学会の論文
• 2008-11-15

著者

• Fukuda Ikuo

  Computational Science Research Program Riken (the Institute Of Physical And Chemical Research)

• Nakamura Haruki

  Institute For Protein Research

• Nakamura Haruki

  Institute For Protein Research(osaka University)

• Yonezawa Yasushige

  Institute For Protein Research(osaka University)

• Yonezawa Yasushige

  Institute For Protein Research Osaka University

関連論文

• Parallelization of Markov Chain Generation and its Application to the Multicanonical Method
• 3P-038 Ab Initio QM/MMシミュレーションによるプロリン・シスートランス異性化蛋白質Pin1の酵素機構の研究(蛋白質・機能,第46回日本生物物理学会年会)
• New Limits on Neutral Scalar Bosons
• 3P140 X線小角散乱による心筋症関連トロポニン変異体の構造解析(筋肉(筋蛋白質・収縮),第48回日本生物物理学会年会)
• 2P035 1G1535 Distinct roles of buried and exposed interface residues in selection of multiple partners by date hub proteins(The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
• 1P024 蛋白質間相互作用面の構造類似性は相同蛋白質間にしかない(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)
• 1P-081 ポルフィリン側鎖のヘムの電子構造への影響に関する理論的研究(ヘム蛋白質,第47回日本生物物理学会年会)
• 3P-270 BMRB日本サイトにおける低分子量生体高分子のNMRデータ登録(SMSDep)受け付け開始(その他,第47回日本生物物理学会年会)
• 2P455 Web service of the Protein Data Bank Japan (PDBj)(48. Bioinformatics, genomics and proteomics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
• 2P-049 天然変性蛋白質pKIDとKIXドメイン複合体形成における結合と折り畳みが共役した相互作用の計算科学による解析(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第47回日本生物物理学会年会)
• 3P-117 リゾチーム周辺における水分子の流れパターン(順流、渦流、Dry/Wet流れ)に関する分子動力学シミュレーションによる解析(水・水和/電解質,第46回日本生物物理学会年会)
• 1P-007 マルチカノニカル分子動力学シミュレーションによる57残基蛋白質の構造探索(蛋白質・構造(1),第46回日本生物物理学会年会)
• 3P-107 金属蛋白質の多核活性中心の電子構造および化学結合様式に関する理論的研究 : 酸素運搬蛋白質ヘムエリスリンへの適用(電子状態,第46回日本生物物理学会年会)
• The Multicanonical Weighted Histogram Analysis Method for the Free Energy Landscape along Structural Transition Paths
• 2P-282 抗体カノニカル構造再訪(生命情報科学・構造ゲノミクス,第46回日本生物物理学会年会)
• 1P-067 単純並列化によるマルチカノニカル分子動力学法のサンプリング効率の向上(蛋白質-計測・解析の方法論,第47回日本生物物理学会年会)
• 1P481 Real-time Structure Based Queries at the Protein Data Bank japan(23. Bioinformatics, genomics and proteomics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
• 3P-224 クロロフィル側鎖回転異性体の理論解析(光生物-光合成,第47回日本生物物理学会年会)
• 3P-260 光合成反応中心スペシャルペアの相互作用エネルギーの解析(光生物・光合成,第46回日本生物物理学会年会)
• 1P021 Conformational transitions in the CDRH3 region of the antidansyl monoclonal antibody by molecular dynamics simulations(Protein:Structure,The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
• 3P-034 サツマイモ由来Purple acid phosphatase活性中心のハイブリッドDFTによる電子状態解析(蛋白質・機能,第46回日本生物物理学会年会)
• 2P308 Simple and easy application of Wang-Landau method to molecular dynamics simulations(The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
• 2P084 Study on 4'-Phosphopantetheinyl Transfer Reactions to Acyl Carrier Protein : the preliminary processes of Human Fatty Acid Synthesis(The 48th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
• 2P-039 粗視化モデルを用いた全原子シミュレーションの効率化(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第47回日本生物物理学会年会)
• 1P-074 粗視化モデルを用いた全原子シミュレーションの効率化(蛋白質・物性(1),第46回日本生物物理学会年会)
• 1P055 QM/MM study on catalytic mechanism of PPIase protein Pin1(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
• 1P048 Flexible docking multicanonical molecular dynamics simulations between factor Xa and its inhibitors(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
• 2P396 Quantum mechanical study of the proton transfer via a peptide bond in the novel pathway of proton translocation of cytochrome c oxidase(45. Electronic structure,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
• A general ab initio approach for free energy landscapes of biological molecules around the transition states : Fusion of the classical molecular mechanics simulation and the quantum chemical calculation
• 2P-283 PiRaNha:蛋白質配列からのRNA結合残基予測(生命情報科学・構造ゲノミクス,第46回日本生物物理学会年会)
• A QM/MM Molecular Dynamics Simulation Study of the Cis-Trans Isomerization Process of N-Methylacetamide
• Smoothed Wang-Landau Sampling of a Peptide in Aqueous Solution
• Consistent Molecular Dynamics Scheme Applying the Wolf Summation for Calculating Electrostatic Interaction of Particles(Atomic and molecular physics)
• Parallelization of Markov Chain Generation and its Application to the Multicanonical Method
• 3D1036 P17 蛋白質の生物学的機能解析のための相互作用界面の複合構造モチーフ(3D 蛋白質_構造機能相関2,日本生物物理学会第49回年会)
• 3H0936 全原子シミュレーションによる天然変性蛋白質の自由エネルギー地形(3H 蛋白質_物性4,日本生物物理学会第49回年会)
• 3G1358 マルチカノニカル分子動力学シミュレーションによる抗原-抗体間のフレキシブル・ドッキング・シミュレーション(3G 蛋白質_構造4,日本生物物理学会第49回年会)
• 1E1700 最大共有部分構造と分子記述子による高速な2D化学構造検索プログラムの開発(ゲノム生物学、生命情報科学,第49回日本生物物理学会年会)
• The Multicanonical Weighted Histogram Analysis Method for the Free Energy Landscape along Structural Transition Paths
• 2PT103 進化的に保存されたタンパク質間相互作用の複合体立体構造の予測(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
• 1C1412 VanXの溶菌活性を用いたルシフェラーゼのスクリーニングの簡略化(蛋白質-計測,解析,エンジニアリング,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
• 3PT190 弾性ネットワークモデルを利用したβ_2アドレナリン受容体のアンサンブルドッキング(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
• 3B1010 ダイニンモータードメインの溶液中の分子動力学シミュレーション(蛋白質-構造機能相関III:動態,生体リズム,口頭発表,日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
• 2B1436 A multi-body potential for normal mode analysis of protein structure(Proteins:Structure & Function II:Theory, Aggregation,Oral Presentation,The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
• LigandBox: A database for 3D structures of chemical compounds
• Protein Experimental Information Management System (PREIMS) Based on Ontology: Development and Applications
• The role of charged surface residues in the binding ability of small hubs in protein-protein interaction networks
• 1P127 Zero-dipole summation method for evaluating electrostatic interaction in molecular simulation of biomolecular system(06.Electronic state,Poster,The 51st Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

もっと見る 閉じる

スポンサーリンク