オリゴペプチド結晶中の2次構造
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概要
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Many oligopeptides with two or more peptide units fold into the so-called secondary structures, which give several rules and accurate parameters of protein foldings.<BR>β-<I>turn</I>: Type I is frequently found in the oligopeptides having three or more peptide units. The NC<SUP>α</SUP>C angles at the second site are 113-116°. The mean length of the intramolecular 4→1 hydrogen bonds is 3.03Å. Val and Ile having two C<SUP>γ</SUP> atoms are not usually accomodated at the third site.<BR>β-<I>sheet structure</I>: Several peptides show the (ideally) parallel β-sheet structures, while at present only tri (L-Ala) crystallizes in an infinitely extended antiparallel β-sheet structure. In some peptide crystals two molecules are linked to a dimer by a pair of hydrogen bonds of the antiparallel β-structure type. Several peptides crystallize in “twisted” β-sheets, and their conformational angles are close to those of the collagen group peptides.<BR><I>poly</I> (<I>L-proline</I>) II <I>helix</I>: Tri- and tetra-prolines are in a poly (L-proline) II helix with the trans peptide bonds. Several others containing Pro and Gly have similar conformations.<BR><I>Cis peptide bond</I>: Cis prolines have been found in Z-GIy-Pro-Leu and a few cyclic oligopeptides. The bond angles around the N atom are : CNC<SUP>α</SUP> (cis) = CNC<SUP>δ</SUP> (trans) =126°, CNC<SUP>δ</SUP> (cis) =CNC<SUP>α</SUP> (traps) =121°, and C<SUP>α</SUP>NC<SUP>γ</SUP> (trans, cis) =113°.
- 日本結晶学会の論文
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