DNA配列決定におけるMAX-MIN Ant Systemの適用とその改良(アルゴリズム理論)
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概要
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本論文では,ハイブリッド形成によるDNA配列決定(Sequencing by Hybridization:SBH)において,アントコロニー最適化を適用した結果を示す.SBHとは,DNAチップを使用して得られる部分配列の有無の情報により,未知のDNA配列を決定する手法である.これまでに,タブーサーチやハイブリッド遺伝的アルゴリズムを用いた手法,そしてタブーサーチと散布探索を組み合わせた手法が提案されている.しかし,これらの手法にはDNA配列長が長くなると配列決定の精度が大幅に低下する問題がある.本研究では,この問題を解消するために,最近注目されているメタヒューリスティック手法であるアントコロニー最適化を適用した.そして性能評価実験の結果,従来手法と比べ,大幅な精度向上を実現できたことを示す.
- 2006-05-01
著者
-
白山 政敏
石川工業高等専門学校電子情報工学科
-
越野 亮
石川工業高等専門学校電子情報工学科
-
大谷 隆浩
石川工業高等専門学校電子情報工学科
-
高 大輔
金沢大学工学部情報システム工学科
-
大谷 隆浩
金沢大学大学院自然科学研究科
-
白山 政敏
石川工業高等専門学校
-
越野 亮
石川工業高等専門学校 電子情報工学科
-
越野 亮
石川工業高等専門学校
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