GAMESS版フラグメントMO法計算のためのGUIの開発

概要

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フリーの分子軌道計算プログラムであるGAMESSに実装されているFMO (フラグメントMO法) 計算のためのGUIを開発した．新しいGUIは，これまで著者が開発を続けてきた計算化学プリ・ポストプロセッサーFacioに組み込まれている．分子モデルを見ながら行なう対話的な操作により，タンパク質や核酸に対するフラグメントの作成や各フラグメントの電荷の決定や名前付けなどが自動的に行なわれ，FMO計算のための入力ファイルも自動的に作成される．手動分割によるフラグメントの作成も可能であるため，複合タンパク質に存在する非ペプチド成分の分割も容易に行うことができる．このような手動分割を複雑で込み入った巨大なタンパク質に対して行なうためには局所構造を表示して変更を加える機能が必須となるが，この目的のためにLocal Structure Viewerを新たに開発した．また，水素原子が欠落した構造に対して自動的に補完した水素原子の座標はFMO計算に先立ち予め最適化する必要があるが，これを行なうために分子軌道法によるフラグメントの連続構造最適化機能を新たに開発した．
2008-03-15