正十二面体対称性を有する超分子の分子モデル

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概要

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超分子は、水素結合や配位結合により自己集合を形成し大きな構造を形成しており、その分子モデルは、分子軌道法や分子力学を利用して構造を最適化しながら構築することが非常に困難である。本論文では、種々の超分子の中で特に正十二面体対称性を有する超分子のモデルの作成法について考察し、座標と結合情報を対称性を利用して作成するPerlのスクリプトを紹介した。座標の発生は、稜線に位置する部分構造の座標を次の三つの回転操作を組み合わせて変換して求めている。（１）Z軸の回りの72°の回転、（２）Y軸の回りの180°の回転、（３）Y軸の回りの2φの回転（2φは、隣り合う二つの面のそれぞれの法線がなす角で63.43495°）　一方、結合情報の発生は、全原子の番号付けを稜線部の部分構造の原子数をパラメータとして表現することにより、自動化することができた。
日本コンピュータ化学会の論文
2004-03-15

著者

末永正彦
九州大学理学研究院化学部門

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