プロテオーム解析のためのタンパク質消化最適化条件の検討

概要

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プロテオーム解析では、2次元電気泳動で分離検出したタンパク質を酵素消化後、質量分析する方法やタンパク質をPVDF膜に転写し酵素消化後、配列分析する方法が用いられている。しかし、タンパク質を酵素消化する条件の詳しい検討は行われていない。そこで、本研究はタンパク質のインゲル消化に適した酵素消化条件と染色方法を検討した。インゲル消化において還元アルキル化をする場合としない場合があるが、酵素消化前の還元アルキル化がペプチドの回収率を上げることがわかった。次に、タンパク質バンドをポジティブ染色（CBB、Ponceau S)、ネガティブ染色（Zn、Cu）および蛍光染色（SYPRO Orange、SYPRO Ruby）で検出し、リシルエンドペプチダーゼで切断した。これらを逆相HPLCで分離した結果、Zinc染色が最も発色がよくまた、ペプチドの回収率が高かった。さらに、インゲル消化とオンメンブレン消化を比較したところ、インゲlレ消化した方が特に低分子ペプチドにおいて高い回収であることがわかった。