分子動力学専用計算機MDGRAPE-4
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概要
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ミリ秒タイムスケールのタンパク質等の生体分子の古典分子動力学シミュレーションを達成するために開発中の分子動力学専用計算機 MDGRAPE-4 について報告する。汎用並列計算機での生体分子の古典分子動力学シミュレーションのストングスケーリングは主に通信性能によって制限されている。これを解消するため MDGRAPE-4 では専用パイプライン演算器とネットワークインターフェイスを統合した SoC を採用した。計算プログラムとしては Gromacs を選択したが、専用 SoC で動作させるため大幅な変更が必要となり、ハードウェアの製造と並行して、MDGRAPE-4 用の Graomacs の開発を進めている。
- 2014-07-21
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