論文中に共起する遺伝子への生物知識ベースによる意味付け

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概要

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• Gene Indexingは,学術論文全文から遺伝子情報を人手により抽出したデータであり,主にシアノバクテリアについて,18万件の,遺伝子IDと記載場所の情報(題名,導入,手法,結果,考察等)が対応づけられたレコードが蓄積されている.本発表では,このデータを利用して,論文中の各セクションに共起する遺伝子ペアが,同じパスウェイやタンパク質複合体上に存在する割合や,同じタンパク質ドメインを持つ割合を調査し,記述されるセクション毎の共起遺伝子の特徴付を試みた.得られた結果を,文献マイニングに利用する方法についても考察したい.

• 2011-03-03

著者

• 川島 秀一

  東京大・医科研

• 金久 實

  東京大・医科研:京都大・化学研究所

• 岡本 忍

  情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター

• 川島 秀一

  東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター

• 金久 實

  東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター|京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター

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