AltPS:原子局所環境の類似性に基づくタンパク質表面の構造アライメントツール
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
タンパク質の局所表面を比較して類似表面領域を検出するツール 「AltPS」 を開発した。AltPS は、配列やフォールドの情報を必要とせず、タンパク質表面の原子一つ一つの特徴を、その局所的な環境の幾何学的形状および物理化学的特徴に基づいて 6〜18 成分のベクトル量で表現することにより、タンパク質表面全体を効率的に探索する。任意の 2 つの PDB データを入力すると、検出された複数の類似領域について、類似スコア、原子アラインメント表、スーパーポーズ後の座標が出力される。AltPS を、類似機能を持ついくつかのタンパク質ペアに適用した結果、構造の類似した機能部位が検出できた。AltPS は http://d-search.atnifty.com/research.html にて配布されている。
- 2010-02-25