統計的予測法を用いた原核生物ゲノムにおける遺伝子発見法の開発
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概要
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近年、様々なゲノムの解析が進む中、情報論的な技術を用いる遺伝子発見法の開発が重要となってきた。そこで我々は、マルコフモデルを用いて原核生物ゲノム中の塩基配列に潜む統計的な偏りを自動的に検出し、遺伝子領域をORFとして探索することで、約60%の遺伝子同定に成功した。さらに隠れマルコフモデルを用いて、開始コドンの上流にあるShine-Dalgarno(SD)配列に基づいてORFを整形し、より正確な遺伝子領域の同定を試みた。その結果、開始コドン上流にSD配列の存在する生物では、遺伝子同定率が5〜20%向上した。
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-12-20