オミックス関連研究へのKEGGの応用
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概要
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KEGGはゲノムにとどまらず,ゲノム,化学物質,ネットワーク情報を包括した高次の観点から,細胞や生命体を解析するためのバイオインフォマティック情報源である.基本的に,PATHWAY, GENES, LIGAND, BRITEの4つのデータベースからなり, http://www.genome.jp/のサイトで利用することができる.KEGG PATHWAYデータベースでは,細胞でおこる相互作用のネットワークとして現される経路図が提供される.これらは,特定の生物種に対する経路図として見ることができ,また,一般的な経路図として見ることもできる.KEGG GENESはKEGGに登録されている全ゲノムの中に見いだされる遺伝子を集めたものである.KEGG LIGANDは化合物,糖鎖,反応,酵素のデータベースである.KEGG BRITEは,手動で進められた遺伝子オーソログの同定システムであるKEGG Orthology(あるいはKO)を含み,化学物質や酵素反応の分類も提供される.KOは新しいゲノム機能の注釈にとって不可欠なツールであり,KAASという自動注釈ツールの鍵となるものである.
- 日本農薬学会の論文
- 2006-08-20