高速遺伝子配列検索

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概要

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検索配列に類似している配列をデータベースから高速に検索する技術を提案する。遺伝子配列を比較しスコアを求めるダイナミックプログラミング法は、計算量が大きく検索に用いることは困難である。一般的に用いられている遺伝子配列検索プログラムはあらかじめ当りをつけた類似部分周辺だけを調べるため、ダイナミックプログラミング法によれば類似している配列を見逃す可能性がある。本稿ではあらかじめ作成したスコア表を用いて、データベース中のすべての配列に対してスコアの上限値を高速に求める技術を提案する。スコアの上限値に基づいてダイナミックプログラミング法を行う配列を選択することで漏れのない高速遺伝子配列検索が実現できる。
一般社団法人情報処理学会の論文
1995-02-07

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