演繹オブジェクト指向データベースの分子生物学への適用

概要

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分子生物学の分野ではゲノムやタンパク質に関する莫大なデータが未整理状態で累積されてきており、生物学データに適したデータモデルとDBMS、未整理データを整理して知識化する作業を支援する方法、知識の格納と利用の方法、などを整備していく必要がある。ICOTでは知識表現言語として演繹オブジェクト指向データベース(DOO)の概念を採用したQuixote[1]を設計開発している。この言語の分子生物学への適用、特に知識の格納および利用方法の整備への適用を通じ、データの知識化の基盤となるデータベース/知識ベースの実現を考えている。また、同じくICOTで設計開発した非正規関係DBMS Kappa-P[2]を併用し、知識ベース内の定型的な知識に関する検索効率向上を図る。本稿では、既存の公共のタンパク質データベースを効率的に内包し、生物学データからの知識抽出の基盤となるような個人用タンパク質知識ベースの試作について、その要求機能や実現可能性について述べる。
一般社団法人情報処理学会の論文
1992-09-28