創薬のための仮想スクリーニング統合環境Xsiの開発
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概要
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分子力場法をベースとした薬物候補化合物の仮想スクリーニングのための統合環境Xsiを開発した。創薬の手法として、ターゲット蛋白質の構造情報を用いないLigand Based Drug Design(LBDD)と、ターゲット蛋白質の構造情報を用いるStructure Based Drug Design(SBDD)の二通りがある。Xsiはこの両手法をひとつのプラットフォーム上に一体化させ、専用のスクリプト言語Xsi-Scriptによりユーザーが機能を自由に組み合わせることにより様々な解析フローを実現できる統合環境となっている。LBDDの中心的機能の低分子の配座生成部分について、SH4版EHPCシステムを用いて、階層型並列化を行い、CPU21個で並列化効率96.6%が得られた。更に、SBDD機能を用いて、c-ABLとリガンドの再ドッキング試験を行い、Root Mean Square Deviation 0.13Åが得られている。
- 2005-12-15