理想タンパク質構造の設計原理
スポンサーリンク
概要
- 論文の詳細を見る
Protein folding occurs because the native interactions collectively outweigh non-native interactions, resulting in funnel-shaped energy landscapes. The funnel-shaped landscapes of natural proteins are rugged due to evolution for function or neutral drift. We describe an approach to designing ideal protein structures stabilized by consistent local and non-local interactions. The approach is based on rules relating local structures to tertiary motifs, which make possible the design of strongly funneled energy landscapes. Guided by these rules, we succeeded in designing five ideal alpha-beta protein structures with different topologies completely from scratch. These results illuminate how the folding funnels of natural proteins arise.
著者
-
古賀 信康
Department Of Biochemistry University Of Washington
-
巽 理恵
阪大・理
-
古賀 信康
ワシントン大・生化
-
古賀(巽) 理恵
ワシントン大学生化学科
関連論文
- 2P145 分子動力学シミュレーションによるモータータンパク質KIF1Aの運動機構の解析(分子モーター,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
- S09A4 分子シミュレーションによるF1-ATPase回転機構の研究(F_1-ATPase分子モーターの機構- 一分子計測/構造生物学/分子シミュレーションのクロストーク-,シンポジウム,第45回日本生物物理学会年会)
- 3P171 ミオシンの運動機構の解明に向けて : 粗視化モデルによる分子シミュレーション(分子モーター))
- 2P173 モーター蛋白質F1-ATPaseの運動様式変換機構 : 分子動力学シミュレーション(分子モーター))
- 1P108 ATP依存でのタンパク質のアンフォールド・トランスロケーション : ミニマルモデルシミュレーションによるそのメカニズムの理解(蛋白質 D) 機能(反応機構、生物活性など)))
- 1P062 タンパク質の構造変化のメカニズムを探る : Multiple GO Modelによる分子動力学シミュレーション(蛋白質 C) 物生(安定性、折れたたみなど)))
- 1SD01 Multiple funnels for protein dynamical function
- 31aPS-87 タンパク質フォールディングにおけるダイナミックス解析 : 非定常性・非マルコフ性ヘリックス・シート構造の相関
- 27aP-8 designabilityと熱力学的安定性、折りたたみの相関
- 27p-S-1 格子タンパク模型のdesignability