(続)スーパーコンピュータ「京」の利用:3.ウィルスの全原子分子動力学シミュレーション
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概要
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当グループで開発した汎用分子動力学シミュレーションソフトMODYLASを京コンピュータ上において高効率に動作させることにより1000万原子規模でのポリオウィルスの全原子分子動力学 (MD)シミュレーションを可能とした.リン酸緩衝生理食塩水中のポリオウィルス系は生体温度・圧力条件下での200ナノ秒のMD計算により熱平衡状態へと到達した. 熱平衡状態でのトラジェクトリを解析することによりカプシドの水およびイオンの透過性の実態を分子レベルから明らかにした.ポリオウィルスとポリオウィルス受容体CD155との相互作用の定量化など現在進行中の研究についてもその概要を説明する.
- 2014-07-15
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