タンパク質複合体サイズ分布を用いたマルコフ連鎖モンテカルロ法に基づく複合体予測手法の研究
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概要
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本研究では,タンパク質間相互作用情報からタンパク質複合体を予測するサンプリング手法を提案する.既存手法の多くはタンパク質間相互作用ネットワークの部分グラフの密度に基づき複合体を予測するので,小さな複合体の正確な予測は相対的に困難である.ところが,酵母の代表的なタンパク質複合体データベースであるCYC2008を調べると,複合体のサイズ分布はスケール・フリーであり,42%の複合体は最小サイズ2であることが分かる.そこで,本研究では,複合体のサイズ分布情報を活用したメトロポリス-ヘイスティングス法に基づく予測手法PPSampler (Proteins' Partition Sampler)を提案する.このPPSamplerが,既存手法と比べて高い精度を実現することを計算機実験により確認した.
- 2012-08-02