蛋白質フォールディングのダイナミックス : 異常拡散と動的相関(修士論文(2002年度))

概要

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タンパク質の粗視化モデルに対して様々な温度で分子動力学計算を行い、得られた時系列を主に非線形時系列解析の手法を用いて解析した。調べたモデルは46アミノ酸残基からなり、天然構造として4つのstrandを持つβ-barrel型をとるモデルであり、その派生型であるファネル型に近いGo^^-likeモデルも併せて解析した。ポテンシャルエネルギーの揺らぎのアラン分散やパワースペクトルによる解析では、フラストレーションがより小さいエネルギー地形を有するGo^^-likeモデルではその折れたたみの転移温度においてオリジナルモデルよりも長い時間スケールに渡って、より強い非定常性を示し、白色ノイズ→1/fノイズへの、より先鋭な転移を伴うことが判明した。また、埋め込み解析による運動の次元性については、転移温度での揺らぎの大きい数10成分の埋め込み次元が、他の温度領域に比べて顕著に小さいことが判明した。これらの結果は総合的に、転移温度付近における低次元な長時間記憶を持つダイナミックスの存在を示唆している。
2004-01-20