アライメントアルゴリズムの改良
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概要
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動的計画法を用いたアライメントは,配列間の差異を最小にする(あるいは配列間のスコアを最大にする)ようなアライメント結果を得ることができる.しかし,そのアライメント結果が複数生じる場合があり,その結果から最も確からしいと思われる一つを選択する方法はまだ確定していない.また,各アミノ酸間(あるいは塩基間)やアミノ酸とギャップ間の差異の定義の仕方によって,得られる結果はもちろん異なってくる.したがって,その差異をどのように決定し,かつ適切なアライメント結果を導き出すかが重要となる.そこで,ラマチャンドラン・プロットを基にして,各アミノ酸間の差異を3通りの方法で定義し,それらと,BLOSUM行列とを組み合わせることで,タンパク質の立体構造と,各アミノ酸のペアの起こりやすさを考慮した差異行列を作成した.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2007-09-13
著者
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