モルフォロジーを用いた蛋白質表面の様々な深さのポケット形状の計算(DNA・タンパク質構造)
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概要
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蛋白質分子の構造から凹形状部分(ポケット)を抽出することは、低分子の結合部位の推定に重要な示唆を与える。ポケットを「小さな球は入れるが大きな球は入れない空間」だと考え、モルフォロジー(mathematical morphology)による画像の集合演算としてポケットを抽出する方法が提案されている。しかし、最適なポケットの深さ(大きな球の半径)は、結合する分子の種類や結合の性質によって様々である。そこで、本研究では、様々な大きさの分子表面およびポケットを同時に計算する方法を提案する。この手法により、ポケットの位置、深さ、大きさは同時に計算され、蛋白質の表面構造の特徴をより広い視点から捉えることができる。また、ポケットの深さ(ある点に到達できない球の半径の最小値)を、近似的に求めることも可能であり、結合分子の環境評価を新たな視点で行うことも可能となる。
- 2006-09-15
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