BioServerによる高精度結合自由エネルギー計算(創薬インフォマティックス)
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概要
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富士通が開発した8並列VLIWアーキテクチャの高性能FR-Vプロセッサーを1ラックに1920台塔載したBioServer超並列コンピュータを用いて、FKBP蛋白質とリガンドの結合自由エネルギーの絶対値を計算した。AMBER力場とベネット受容比法を用いる事により、創薬応用に適用可能な計算精度で、結合自由エネルギーの実験値と良い一致をみた。これによりBioServerの様な超並列計算機が、薬化合物を合理的に設計する為に有用な事を示した。
- 2005-07-25
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